INGENIEUR BIO-INFORMATIQUE : Diagnostic rapide du sepsis

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

7-11 rue Guillaume Paradin
69372 Lyon Cedex 08
France

Contacts
François Vandenesch - Responsable Scientifique IdBIORIV
Karen Moreau
Raphaël Fleury
Email du/des contacts
francois.vandenesch@univ-lyon1.fr
karen.moreau@univ-lyon1.fr
raphael.fleury@chu-lyon.fr
Description

INGENIEUR BIO-INFORMATIQUE
Diagnostic rapide du sepsis : prédiction du profil de résistance aux antibiotiques par spectrométrie de masse ciblée

Le projet IdBIORIV, coordonné par les Hospices Civils de Lyon (HCL), bénéficie d’un financement de l’Agence Nationale pour la Recherche dans le cadre du programme Recherche Hospitalo-Universitaire (RHU). Il a pour objectif de développer puis industrialiser une technologie innovante de diagnostic des infections.
Plus d’informations sur le projet RHU IdBIORIV : https://www.univ-lyon1.fr/actualites/idbioriv-developper-un-outil-de-di…

Partenaires académiques :
• Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon (HCL)
• Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), INSERM U1111
• Institut des Sciences Analytiques, Université Claude Bernard Lyon 1

Site principal d’affectation :
• CIRI site Laennec Et Institut des Agents Infectieux, Hôpital de la Croix-Rousse, 69004 Lyon

Durée de la mission : 3 ans à partir du 1er trimestre 2021

Contexte
Une septicémie ou sepsis est une réaction inflammatoire généralisée de l'organisme, en réponse à une infection grave provoquée par le développement de germes pathogènes dans le sang. Le projet IdBIORIV vise à développer un outil de diagnostic du sepsis permettant l’identification et la caractérisation du pathogène en moins de 60 minutes.
Ce projet de Recherche Hospitalo-Universitaire repose sur une collaboration complémentaire entre l’Institut des agents infectieux des Hospices Civils de Lyon/Centre international de recherche en infectiologie, l’Institut des Sciences Analytiques de l'Université Claude Bernard Lyon 1 et SCIEX, industriel leader mondial en spectrométrie de masse.

MISSIONS
La méthodologie du projet IdBIORIV repose sur la quantification rapide de nombreux peptides associés à la résistance aux antibiotiques et à la virulence bactérienne, permettant de prédire le risque de résistance d’un pathogène à un panel d’antibiotiques utilisés dans le traitement du sepsis et de déterminer le potentiel de virulence de ce pathogène.
Dans ce contexte votre travail participera à la compréhension des bases génétiques sous-tendant les variations quantitatives protéomiques observées (variants).

Vos missions principales seront de :
• Mettre en place les outils de bio-informatique nécessaires à l’analyse des données "OMICS" et en particulier, mais pas exclusivement, de séquençage haut-débit WGSeq, RNASeq et TnSeq
• Conduire les analyses de données
• Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques ou de présentations orales
• Gérer le stockage et la sauvegarde des données. Mise en place d’une base de données.
• Favoriser l’interface entre les partenaires biologistes et bio-informaticiens du projet.
• Organiser la veille scientifique et technologique

PROFIL
Titulaire d’un Doctorat ou d’un diplôme d’ingénieur avec une spécialisation en bio-informatiques, data science et/ou mathématiques appliquées, vous avez l’expérience de l’analyse de données médicales et/ou microbiologiques. Vous possédez les qualités suivantes :
• Très bonnes compétences et expériences dans le domaine de l'analyse des données de séquençage haut débit.
• Très bonne maîtrise des langages de programmation couramment utilisés (Python,Perl, R, C/C++)
• Maîtrise de la conteneurisation via docker et de la mise en place de pipeline sous nextflow
• Maîtrise de l'environnement Unix/Linux
• Sensibilité pour la microbiologie

Autonome, rigoureux, vous savez travailler en équipe et faites preuve d’une curiosité technique et scientifique.
Vous avez le sens de la communication écrite et orale dans un environnement pluridisciplinaire (Scientifique, biologie, biostatistique, médecins, etc).
Vous maitrisez l’anglais et êtes en mesure de réaliser une étude bibliographique et de communiquer au sein d’une équipe internationale.

Pour postuler
Envoi CV mentionnant deux référents et lettre de motivation à :
• François Vandenesch, francois.vandenesch@univ-lyon1.fr, Responsable Scientifique IdBIORIV
• Karen Moreau, karen.moreau@univ-lyon1.fr, co-responsable du work package « base génétique des variations protéomiques »,
• Raphaël Fleury, raphael.fleury@chu-lyon.fr, Chef de Projet IdBIORIV

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente