Méthodes de correction du bruit de fond dans l’analyse du microbiome de matrices biologiques à faible charge bactérienne

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

3 route de la Chatterie
44800 Saint-Herblain
France

Contacts
Yao AMOUZOU
Erwann SCAON
Email du/des contacts
yao.amouzou@mxns.com
erwann.scaon@mxns.com
Description

Descriptif de la mission :
Biofortis, une compagnie Mérieux NutriSciences, est une CRO offrant des services d'expertise en nutrition aux professionnels de la R&D tels que des essais cliniques, des projets de recherche et des tests bioanalytiques. Dans le cadre des essais cliniques et activités bioanalytiques, Biofortis a développé ces dernières années une forte expertise autour de l’analyse des microflores complexes dont le microbiote intestinal. Cette expertise est appuyée par une plate-forme analytique intégrant différents outils (biochimie, enzymologie, métagénomique ciblée par NGS ADNr 16S, métagénomique shotgun, typage bactérien par WGS...) permettant la production des données ad hoc qui sont ensuite traitées et analysées par une équipe dédiée de bioinformaticiens et statisticiens.

Dans le cadre du déploiement par Biofortis de nouvelles activités autour du NGS (Next Generation Sequencing), l'étudiant s’intéressera à la problématique de l’analyse des échantillons à faible charge bactérienne au cours des analyses métagénomiques (ciblée 16S et Shotgun) du microbiome.

Les études de microbiote qui incluent des échantillons à faible charge bactérienne nécessitent des analyses spécifiques pour s'assurer que le bruit fond (liée à la méthode de prélèvement ou à l’environnement) ne biaise pas les résultats et leur interprétation. Plusieurs méthodes sont actuellement décrites dans la littérature et des recherches complémentaires sont nécessaires pour définir les méthodes optimales d'analyse du microbiome de ce type particulier de matrices biologiques (urine, placenta, lavage broncho alvéolaire, …).

L’étudiant aura pour principales missions :

1) De faire un état des lieux des outils informatiques et statistiques pouvant être utilisés.
2) De tester les outils retenus.
3) D’implémenter l’outil sélectionné dans les workflows d’analyses existants.
4) De produire des représentations graphiques associées.

Ces missions s’effectueront au sein d’une équipe pluridisciplinaire intégrant bioinformaticiens, statisticiens, informaticiens, experts scientifiques et personnel technique de laboratoire.

Période et durée : A partir de janvier 2021 pour une durée de 2 mois
Horaire hebdomadaire de travail : 35 heures
Formation : Formation supérieure en bioinformatique / Niveau Master I ou équivalent
Qualités requises :
- Connaissances en biologie moléculaire et génomique
- Expérience souhaitée en analyse de données NGS
- Connaissances des langages R, Python
- Bon niveau en anglais scientifique (oral/écrit)
- Capacité à interagir dans un environnement pluridisciplinaire
- Capacités d'adaptation, autonomie, rigueur, excellent relationnel, esprit de synthèse et d’initiative
Indemnités de stage : Participation titres restaurant et frais de transports en commun

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente