Support aux équipes de Recherche dans leurs besoins d’analyse des données -omiques

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

114 RUE EDOUARD VAILLANT
94800 VILLEJUIF
France

Contacts
Marc DELOGER
Karthiga KANAGASABAI
Email du/des contacts
Marc.DELOGER@gustaveroussy.fr
Karthiga.KANAGASABAI@gustaveroussy.fr
Description

Gustave ROUSSY, 1er premier centre européen de lutte contre le cancer, recherche à recruter un(e) Bioinformaticien(ne) en support des équipes de Recherche dans leurs besoins d’analyse des données -omiques (majoritairement RNAseq, WES, ChIPseq, ATACseq).

Il/elle sera aussi en charge d'aider les autres bioinformaticiens de l’Institut en répondant à leurs éventuelles questions.

Ce recrutement se fait dans le cadre d’un remplacement de congé maternité d’une durée de 7 mois (de février à septembre 2021).

La personne recrutée sera au sein de la plateforme de bioinformatique et en étroite collaboration avec la plateforme de génomique.

Le(la) bioinformaticien(ne) aura notamment pour mission de :

  1. Réceptionner les demandes de projets d'analyse de données, s'assurer de leur faisabilité, de leur potentiel de valorisation, de l’analyse, du respect des rendus, des délais annoncés, de la clôture des projets ainsi que de la satisfaction des porteurs de projet (via un formulaire de satisfaction anonyme post rendu).
  2. Participer à l'élaboration/animation des formations internes à l'utilisation des pipelines et/ou l'interprétation des rendus de pipelines auprès des collaborateurs bioinformaticiens/biologistes/cliniciens
  3. Participer à l’effort d'homogénéisation des compétences et des rendus au sein de la plateforme

Connaissances et compétences professionnelles :

- Fortes connaissances en biologie pour une bonne interprétation des résultats et une meilleure communication avec les porteurs de projets,

- Excellente connaissance des données de génomique/transcriptomique,

- Compétences démontrées dans l'utilisation d'outils d'analyse (STAR, kallisto, BWA, GATK, Bowtie, MACS2) et de visualisation/exploration de données (IGV, maftools, deepTools), de méthodes de classification (clustering hiérarchique, ACP, UMAP) ainsi que de bases de données d'annotation (Gencode, Ensembl, RefSeq, dbSNP, 1000G, GnomAD),

- Maîtrise des langages de scripting (R, Python, Bash) ainsi que des outils de base pour une bonne Recherche reproductible (git, snakemake/nextflow, conda, singularity/docker),

- Savoir travailler sur un cluster de calcul via un gestionnaire de jobs (notamment SLURM).

 

Formation :

 

- Master en bioinformatique ou équivalent + 2 ans d’expérience.

 

Expertise et compétences interpersonnelles :

 

- Enthousiaste, indépendant et proactif,

- Bonne organisation, flexibilité, et consciencieux(euse),

- Solides compétences en communication et capacité à travailler efficacement avec les autres,

- Capacité à synthétiser les résultats et à générer des rapports de données.

 

Dans le cadre de notre politique volontariste en faveur de l'insertion des personnes en situation de handicap, toutes les candidatures sont étudiées à compétences égales.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente