Intégration d’un module de représentation de données protéomiques sous forme de réseau dans une application web

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Institut Curie
26 rue d'Ulm
75005 Paris
France

Contacts
Valentin Sabatet
Patrick Poullet
Email du/des contacts
valentin.sabatet@curie.fr
patrick.poullet@curie.fr
Description

La plateforme de Bioinformatique et le Laboratoire de Spectrométrie de Masse Protéomique (LSMP) de l'Institut Curie recherchent un(e) stagiaire de niveau Master 1.
Contexte :
Au sein de l’Institut Curie, l'un des plus importants centres européens de recherche contre le cancer, l'unité U900 « Cancer et génome : bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie » (unité mixte INSERM, Mines ParisTech, Institut Curie) combine une activité de recherche et de soutien aux plateformes technologiques de l’institut par le biais de sa plateforme de bioinformatique. En particulier, nous collaborons depuis plusieurs années avec la plateforme de spectrométrie de masse protéomique (LSMP) afin de mettre en place des outils pour faciliter l’intégration, l’analyse et l’accessibilité des données générées. Dans ce contexte, nous développons depuis 2003 une application web couplée à une base de données.
Missions :
Nous proposons un projet de 3 à 6 mois co-encadré par les 2 plateformes, dont la mission sera de participer à l'évolution de l’application par l’intégration d’un nouveau module de représentation graphique de données.
Le(la) stagiaire devra se familiariser avec la bibliothèque JavaScript CytoScape.js (https://js.cytoscape.org/). Il(elle) aura à charge de développer un ensemble de représentations sous forme de graphes facilitant l’exploration des données protéomiques générées : graphes d’interaction protéine-protéine, carte d’enrichissement fonctionnelle, …
Ce travail sera effectué dans un contexte de qualité de production incluant l’utilisation d’un logiciel de gestion de version, le suivi des bonnes pratiques de programmation ainsi que la rédaction d’une documentation fonctionnelle associée aux fonctionnalités développées.
Profil :
Bonne connaissance des langages HTML5/CSS3 et JavaScript. Une première expérience dans l’utilisation d’une bibliothèque de représentation graphique (D3, Chart, Highcharts, Plotly…) constituerait un plus.
Connaissance des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL ou MariaDB).
Connaissance des outils de gestion de versions: Git (gitlab/github) ou SVN.
Expérience pratique dans l’utilisation des systèmes Unix/Linux et du Shell.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente