Ingénieur(e) d’études en bioinformatique à Nantes

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
2 années total max
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

CHU Hotel Dieu - bâtiment Jean Monnet
30 bd Jean Monnet
44000 Nantes
France

Contacts
Dr Matthieu Giraud
Email du/des contacts
matthieu.giraud@inserm.fr
Description

Appel à candidature pour un poste d’ingénieur d’étude en bioinformatique à Nantes

Contrat: CDD (IE)
Temps de travail: Temps complet
Durée: 6 mois renouvelables sur 2 ans total

Structure d’accueil :
Le Centre de Recherche en Transplantation et en Immunologie (CRTI) (http://www.crti.univ-nantes.fr) est une structure de recherche (UMR 1064) affiliée à l’INSERM et à l’Université de Nantes. Le CRTI est localisé au CHU de Nantes Hôtel Dieu avec lequel il forme l’Institut de Transplantation Urologie et Néphrologie (ITUN), un des plus grand centre français et européen dévolu à la recherche fondamentale et clinique sur la transplantation et plus largement sur les mécanismes immunitaires. Notre objectif est d’améliorer les traitements associés à la transplantation et aux maladies autoimmunes grâce à une meilleure compréhension des réponses immunes, à l’identification de biomarqueurs, et de développer de nouvelles immunothérapies et outils pour la médecine personnalisée.

Le projet :
Le projet du poste proposé s’inscrit dans un programme de recherche international, multicentrique, porté par le Pr Roberto Mallone à l’Institut Cochin, Paris, (http://www.dearlab.org) et soutenu par la fondation Helmsley et l’Agence Nationale de la Recherche (ANR). L’objectif consiste à distinguer, sur la base de leur transcriptome, les lymphocytes T (LT) CD8 capables de reconnaitre les antigènes pathogènes du diabète autoimmun (de type I) et qui s’engagent dans une réponse autoimmune délétère de ceux qui ne s’engagent pas dans cette voie. L’objectif ultime est d’identifier des biomarqueurs afin de pouvoir administrer au plus tôt une thérapeutique adaptée aux individus susceptibles de développer le diabète ou étant dans la voie vers le diabète.

Missions :
• Processer les données brutes issues de single-cell (sc)RNA-seq obtenues à partir de LT CD8 de différentes spécificités, issus de patients diabétiques ou de contrôles
• Analyser les données RNA et VDJ issues des datasets single-cell processés
• Interpréter les résultats et les valoriser en les présentant sous forme de rapports destinés aux porteurs du projet et aux financeurs
• Assurer une veille technologique sur l’analyse des données single-cell RNA et VDJ
• Mettre en place et organiser la mise en forme et le stockage des données/résultats
• Interagir et collaborer avec les autres membres de l’équipe et de l’unité impliqués en bioinformatique

Profil :
• Le candidat recherché doit avoir obtenu un Master 2 en Bioinformatique avec une composante biologie cellulaire ou immunologique forte ou bien un Master 2 en biologie cellulaire ou immunologie avec un stage de M2 basé essentiellement sur l’analyse de données RNAseq.
• La maitrise de R +/- Python ainsi que l’environnement Unix est un prérequis.
• De solides connaissances en statistique sont nécessaires
• Les profils bioinfo / immuno ou cellulaire seront privilégiés
• La très bonne maîtrise de l’anglais est un plus
• Une expérience de 2 à 3 ans dans l’analyse bioinformatique, préférentiellement l’analyse RNAseq, après l’obtention du M2, est nécessaire

Date limite de réception des candidatures : mercredi 20 janvier 2021
Date de prise de fonction souhaitée : début mars 2021

Documents pour candidater :
• CV
• Lettre de motivation
• Une ou deux lettres de recommandation avec référence

Contact : matthieu.giraud@inserm.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente