Bioinformaticien gestion et intégration de données

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Institut Bergonié
33000 Bordeaux
France

Contacts
Yec'han Laizet
Carlo Lucchesi
Email du/des contacts
y.laizet@bordeaux.unicancer.fr
c.lucchesi@bordeaux.unicancer.fr
Description

Mission(s) principale(s) ou projet à accomplir :

Le candidat / La candidate travaillera à l’intégration des données cliniques / multi-omiques (transcriptome, génome et protéome). Il / elle procédera à l’inventaire des différentes sources de données, leur organisation et l’intégration dans des outils à destination des cliniciens, biologistes et bioinformaticiens. Il / elle définira en concertation étroite avec les utilisateurs, le cahier des charge pour assurer une exploitation optimale et intégrée des données. L’intégration sera conduite avec les méthodes de standardisation et de structuration assurant l’interopérabilité des données. Le candidat / La candidate sera amené à proposer des nouveaux outils et plans d’organisation et de stockage. L’intégration devra permettre l’exploitation des données des cohortes. Il / elle sera responsable de la mise en œuvre des connexions avec les outils bio-informatiques déjà disponibles.

Activités essentielles :

- Gérer les activités de structuration, standardisation, saisie et mise à disposition des données à travers l’outil REDCap.
- Assister au design de nouveaux projets REDCap et répondre aux demandes d’extractions.
- Développer les modules complémentaires dans l’outil REDCap. Créer les flux de données entres les applications.
- Maintenir et alimenter le portail cBioportal agrégeant les données cliniques et génomiques.
- Rédiger la documentation liées aux activités.

Environnement et contexte de travail, contraintes particulières liées au poste :

Les SItes de Recherche Intégrée sur le Cancer (SIRIC) ont été conçus par l’Institut National du Cancer (INCA) afin d’accélérer la conversion des découvertes de biologie fondamentale en outils thérapeutiques en médecine. La communauté scientifique en oncologie de Bordeaux a été re-labélisée SIRIC (BRIO2) pour la période 2018-2022. Un des axes de recherche de ce programme, Integrated Medicine for Sarcoma (IMS), piloté par le Pr. Antoine Italiano, chef de clinique en oncologie à l’Institut Bergonié, se focalise sur l’intégration, l’exploitation et l’analyse des données multi-omique et radio-omiques des Sarcomes. Ce type de tumeur rare est caractérisé par une hétérogénéité tumorale importante, un taux de survie faible, des données d’évaluation de risque insuffisantes, et un besoin urgent de définir des nouvelles stratégies thérapeutiques. Dans ce cadre, nous sommes à la recherche de candidats bio-informaticiens en Intégration de Données.

Diplôme(s) exigé(s) et/ou niveau de qualification :

Master bioinformatique ou équivalent

Compétences demandées :

Savoirs :
Le candidat / La candidate devra maîtriser de façon indispensable les langages Python, PHP, les standards de données cliniques (projet SIRIC OSIRIS) et les méthodologies de virtualisation par container (Docker). Familiarisé avec les outils de collecte (REDCap), structuration, stockage des données d’une part, et les données cliniques et les résultats d’analyses omiques d’autre part, il / elle intégrera ces différentes sources de données sous forme d’outils ou portails permettant de définir des cohortes et procéder à la fouille de données et la génération d’hypothèse par les cliniciens, biologistes ou collègues bioinformaticiens (cBioportal).

Savoir-faire :
Le travail sera exécuté dans un environnement Linux et les outils seront déployés sous forme de containers sur un serveur dédié pour une maintenance et un déploiement facilités.
Il / elle devra prendre connaissance des outils de gestion NGS (pipelines) et d’analyse développées par l’équipe de bio-informatique de Bergonié et sera responsable de la conception, codage et débogage des connecteurs nécessaires pour gérer les flux de données entre les sources de données, les systèmes de stockage et les outils d’intégration. La formation des biologistes et cliniciens à l’utilisation des outils bio-informatiques d’analyse fera également partie intégrante de son rôle.

Mots-clés/Keywords
- Organisation, stockage de données
- Standard, UMLS, SIRIC OSIRIS, interopérabilité
- REDCap, cbioportal
- Linux, Docker, Python, PHP
- Agilent, Affymetrix, NGS : RNASeq, ExomeSeq, proteome
- Génétique, génomique et transcriptomique humaine

Savoir-être : Pour mener à bien l’intégration des données, Le candidat / La candidate devra montrer une grande capacité d’adaptation et d’apprentissage pour avoir une bonne vue d’ensemble de l’implication de chaque domaine de compétence dans les projets de recherche. Capacités : travail en équipe, patience, détermination, positivité, communication.

Le cas échéant, expériences demandées : Ingénieur, issue d’un Master en Bio-informatique, le / la candidate devra avoir une expérience confirmée dans l’interopérabilité et l’intégration de données (2 ans min d’expérience) plus une expérience prouvée dans le développement et la mise en place d’outils de mise à disposition des données. Sa bonne connaissance de la terminologie de la clinique / génétique / génomique et de la cancérologie l’aidera à interagir avec les équipes de biologistes et cliniciens du programme. Il affichera une capacité d’organiser son propre plan d’activité et de documenter / rendre compte de l’évolution de taches planifiées.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente