Ingénieur-e biologiste en traitement de données - Mobilité Interne CNRS

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

IPCB
4, Allée Konrad Roentgen
67000 Strasbourg
France

Contacts
Ivan Tarassov
Joseph Schacherer
Email du/des contacts
i.tarassov@unistra.fr
schacherer@unistra.fr
Description

Attention: délais très courts (CV et lettre à envoyer avant le 15 janvier!)

Mission : L'ingénieur-e biologiste en traitement de données organisera la collecte et réalisera la gestion et le traitement de données de génomique, transcriptomiques et protéomiques générées par les équipes de l'unité.

Activités :
- Mettre en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données
- Gérer et analyser des données génomiques à haut débit (protéomique, génomes, transcriptomes, interactomes)
- Assurer la maintenance et le stockage des bases de données créées
- Adapter les applications informatiques aux besoins des projets du laboratoire
- Gérer et maintenir des outils informatiques partagés
- Conseiller et former les utilisateurs du laboratoire aux techniques et outils développés
- Appliquer et faire appliquer les règles en vigueur de la déontologie, de l'éthique, ainsi que les bonnes pratiques cliniques et épidémiologiques
- Participer à des réseaux professionnels en tant que référent pour les chercheurs de l'unité, concernant les approches d'analyse de données issues d'analyses à haut-débit.

Compétences :
- Posséder des connaissances générales en Biologie
- Connaître le cadre légal et déontologique
- Maîtriser les méthodes bioinformatiques dans les domaines de génomique et transcriptomique, en particulier les méthodes d'analyse des données DNA-seq et RNA-seq (contrôle de qualité, alignement, conversion entre formats, visualisation, analyses de l'expression génique différentielle)
- Posséder la maîtrise de l'environnement Linux/Unix et des langages de programmation R et Python.
- Connaître les systèmes de bases de données (SQL)
- Savoir analyser des données issues du séquençage de nouvelle génération (de type Illumina et Oxford Nanopore)
- Avoir une bonne connaissance des approches statistiques et leur application
- Être en mesure de réaliser des analyses statistiques et de visualiser les résultats
- Savoir utiliser les logiciels de calcul et de traitement d'image (ImageJ, MathLab, Mathematica) serait un plus
- Etre apte à interagir avec les utilisateurs et à transmettre ses connaissances
- Maîtriser l'anglais de niveau B1 à B2, selon le cadre européen commun de référence pour les langues

Contexte :
L'ingénieur-e recruté-e sera affecté-e au laboratoire de Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie (GMGM - UMR7156). Cette unité composée d'environ 60 personnes (chercheurs, enseignants-chercheurs, ITA et BIATOSS, post-doctorants et doctorants), regroupe 6 équipes dont les thèmes de recherche sont orientés vers la génétique moléculaire, biologie cellulaire et la microbiologie. L'ingénieur-e recruté-e gèrera et analysera les données génomiques à haut débit (protéomique, génomes, transcriptomes, interactomes, ...) générées par les six équipes de recherche.
Le laboratoire GMGM est situé au sein des locaux fraichement rénovés de l'Institut de Physiologie et de Chimie Biologique (l'IPCB), sur le Campus de l'Esplanade à Strasbourg.
L'ingénieur-e travaillera sur les projets du laboratoire GMGM et participera activement aux réunions avec les plateformes de bioinformatique de l'Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (l'IBMP) et de l'Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC), situés sur le Campus de l'Esplanade à Strasbourg. Il/elle s'impliquera dans la formation du personnel de l'unité pour ce qui concerne les outils bioinformatiques. L'ingénieur-e bénéficiera des compétences en bioinformatique d'une Maitre de Conférence de l'Université de Strasbourg et d'une chargée de recherche du CNRS. Il/elle sera placé-e sous la responsabilité directe du directeur de l'unité.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente