Stage de Master 1 en BioInformatique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

1 Place Alexis-Ricordeau
44093 Nantes
France

Contacts
Aurélien Sérandour, PhD
Yannick Le Bris, PharmD PhD
Email du/des contacts
aurelien.serandour@ec-nantes.fr
Yannick.LEBRIS@chu-nantes.fr
Description

Titre:
Analyse d’une base de données par application de scripts R pour comprendre les mécanismes onco-génomiques de sensibilité ou de résistance des syndromes myélodysplasiques avec ou sans traitement par lénalinomide

Descriptif du stage:
Les syndromes myélodysplasiques (SMD) forment un ensemble de maladies caractérisées par une production insuffisante de cellules sanguines matures saines par la moelle osseuse. Des cellules immatures, appelées blastes dysfonctionnent et s’accumulent dans la moelle osseuse, ce qui se traduit par une diminution du nombre de globules rouges, de plaquettes et de globules blancs dans le sang. Les patients souffrent alors de fatigue, d’hémorragie ou d’infection. Les traitements utilisés sont des facteurs de croissance qui stimulent la production des hématies tels que l’érythropoïétine (EPO) ou des agents anti-leucémiques qui limitent la prolifération des blastes comme le lénalidomide.
Notre laboratoire s’intéresse à un sous-type de SMD particulier caractérisé par la perte, dans les cellules hématopoïétiques, du bras long du chromosome 5, appelé syndrome 5q-. Dans cette maladie de faible risque d'évolution, un traitement par lénalidomide est recommandé. Cependant, nous avons observé que certains patients traités par lénalidomide développent une résistance qui se traduit par l’accumulation dans les cellules du sang et de la moelle de mutations d’un gène suppresseur de tumeur appelé TP53. Les mutations de TP53 n’expliquent cependant pas tous les échappements au traitement par lénalidomide et nous pensons que des anomalies d’autres gènes sont impliquées dans l’émergence de cette résistance
Pour comprendre ce qui se passe chez ces patients, une large étude a été initiée depuis plusieurs années à partir de prélèvements séquentiels de patients souffrant de MDS avec une délétion 5q et pouvant avoir reçu du lénalidomide. Une large base de données a ainsi été constituée, les prélèvements disponibles ayant été d'une part analysés pour l'apparition d'anomalies de TP53 puis screenés plus largement avec une approche de séquençage haut débit par NGS.

L’objectif du stage sera d’analyser cette importante base de données biologiques, cliniques et onco-génétiques.

Missions spécifiques:
Une étude bio-statistique des données est à réaliser par des approches innovantes telles que les analyses en composantes principales, le regroupement hiérarchique, l’identification de modèles d’évolution par analyse de trajectoires, mais aussi une intégration de scripts pour la visualisation des résultats. Le stagiaire devra réaliser la mise en forme d’une base de données déjà disponible, puis l'analyser sur R Studio.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente