Bio-informaticien(ne) en NGS médical (recherche et diagnostic)

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
Le CDD pourra être renouvelé 2 fois et/ou reconduit sous forme de CDI
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

IUCT Oncopole
1 avenue Irène Joliot-Curie
31059 Toulouse 9
France

Contacts
Escudié Frédéric
Gascoin Gaël
Email du/des contacts
escudie.frederic@iuct-oncopole.fr
gascoin.gael@iuct-oncopole.fr
Description

Contexte

Le poste est situé au sein du service d’Anatomie et Cytologie Pathologiques du CHU de Toulouse sur le site de l’IUCT Oncopole dans le cadre de son activité de pathologie moléculaire. L’équipe de ce secteur prend en charge l’analyse des tumeurs solides et lymphomes dans l’objectif de procurer à ses correspondants médicaux une caractérisation moléculaire à la fois diagnostique, pronostique et théranostique des échantillons patients. Ces analyses passent notamment par le séquençage haut débit d’une soixantaine de cas par semaine sur les séquenceurs Illumina du laboratoire.
L’équipe de biologie moléculaire comprend notamment :

  • des techniciens et des ingénieurs en biologie moléculaire qui assurent la préparation et les analyses des échantillons ainsi que la mise en place de nouvelles techniques et technologies,
  • Un biologiste médical, un généticien et des pathologistes qui valident et interprètent les résultats et orientent les développements des nouvelles techniques et technologies,
  • un ingénieur en bioinformatique qui est en charge de la mise en place, de l’amélioration et de la surveillance des analyses des données de NGS

Dans le cadre de son travail sur les lymphomes, le laboratoire est également centre de référence au sein du réseau lymphopath regroupant des experts du domaine et portant plusieurs projets de recherches liés au NGS. Le candidat sera recruté dans le cadre d’un financement de ce réseau.
Plus largement, le(s) bioinformaticien(s) de l’équipe participe(nt) aux activités transversales des laboratoires du CHU au travers d’une cellule bioinformatique.
L’ensemble des analyses diagnostiques sont réalisées sur le cluster de calcul qui est situé sur le site de l’IUCT-Oncopole.

Activités

En interaction avec le personnel médical et technique du laboratoire et sous la responsabilité de l’ingénieur bioinformatique du laboratoire, la personne recrutée aura à :

  • Structurer et intégrer les données cliniques du réseau lymphopath dans une base. Gérer son interrogation, son exploitation et participer à la valorisation des connaissances qu’elle contiendra. Dans ce cadre, le candidat participera aux projets de recherche initiés par l’équipe médicale mais il pourra également proposer des projets innovants sur l’exploitation de ces données.
  • Mettre au point et développer les pipelines d'analyse permettant d’exploiter les nouvelles techniques de biologie moléculaire mises en place au laboratoire. Par exemple : la détection de variants à partir de séquençage d’ADN circulant ou la caractérisation des répertoires lymphocytaires. Le candidat sera en interaction forte avec l’équipe technique de biologie moléculaire pour aider à la validation des nouveaux protocoles.
  • Accompagner les analyses de routine diagnostique (détection de mutations et de réarrangement ayant des intérêts diagnostiques, pronostiques ou théranostiques). Il s'agira tout d’abord d'être en support du personnel médical notamment pour les validations de résultats ambigus. La personne recrutée devra également être force de proposition et capable d'implémenter toute amélioration permettant d'aider cette validation. Enfin, elle assurera la correction des bugs détectés lors de l’exploitation des chaines de traitement.
  • Accompagner des projets de recherche en NGS. La plupart de ces projets se concentre sur l'identification de mutations ou de réarrangements oncogéniques ou sur la classification et la caractérisation des tumeurs en sous-classes. La personne recrutée pourra intervenir sur différentes étapes des projets : rédaction et définition du projet, analyses et valorisation (présentation et rédaction de publications).

En lien avec la cellule bioinformatique du CHU, une partie du temps de la personne recrutée sera dédiée à des projets communs impliquant plusieurs laboratoires utilisant le NGS. Les activités seront du même type que celles réalisées pour le laboratoire.

Savoir-faire et connaissances requises

  • Connaitre les principales technologies de séquençage haut débit
  • Avoir une expérience dans le domaine de l’analyse de données NGS (bioinformatique et biostatistique)
  • Maitriser l’environnement linux et son interpréteur de ligne de commande
  • Maitriser les langages de programmation : Python, JavaScript et R
  • Posséder de bonnes pratiques de développement informatique (méthodes agiles, modélisation, gestion de version via Git, tests unitaires, fonctionnels et applicatifs…)
  • Connaitre la conception et l'optimisation de bases de données SQL et NoSQL
  • Maitriser la recherche, l’exploitation et la capitalisation des informations liées à la veille dans son domaine d'activité

Savoir-être et aptitudes

  • Grande autonomie et capacité organisationnelle
  • Excellentes qualités relationnelles, d'écoute et de communication

Serait un plus

  • Avoir une expérience dans l’exploitation ainsi que le développement ou le déploiement de workflows sur des environnements HPC (ordonnanceur slurm et gestionnaire de workflows snakemake ou nextflow)
  • Connaitre les environnements virtuels conda et Singularity ou Docker
  • Avoir une expérience dans le domaine médical et/ou en biologie moléculaire
Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente