Ingénieur développeur FrontEnd pour la visualisation de données métaboliques.

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
Ce poste pourra être prolonger sur un CDD de 18 mois
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

180 chemin de Tournefeuille
31027 Toulouse
France

Contacts
Fabien Jourdan
Florence Vinson
Email du/des contacts
Fabien.Jourdan@inrae.fr
Florence.Vinson@inrae.fr
Description

OBJECTIFS

Équipe d’accueil : L’équipe d’accueil regroupe 9 bioinformaticiens experts notamment dans la modélisation du métabolisme, le machine learning, l’ingénierie informatique et la visualisation d’information (https://sites.google.com/site/fabienjourdan/inra-xenobiotics ).  Plus globalement, ce projet s’inscrit dans les développements bioinformatique de l’infrastructure nationale de métabolomique et fluxomique (https://www.metabohub.fr/ ).

Contexte : L’équipe d’accueil développe depuis 2009 le serveur web MetExplore (www.metexplore.fr ) dont l’objectif est de permettre la mise en contexte de données omiques (métabolomiques, transcriptomiques) dans les réseaux métaboliques. Le serveur compte plus de 800 utilisateurs enregistrés dans le monde et est ouvert gratuitement à la communauté scientifique.

Un des points forts de ce projet est la possibilité de visualiser (représentation et interaction) des réseaux métaboliques allant de quelques réactions métaboliques à plusieurs milliers. Cette partie du serveur web est développée en javascript (basé sur la librairie D3js), en open source et s’intitule MetExploreViz (https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz).

Objectifs : La librairie existante permet déjà un grand nombre de fonctionnalités pour représenter les données omiques sur des dessins du réseau métabolique. Il reste toutefois de nombreuses nouvelles méthodes de visualisation à mettre en place pour élargir les domaines d’application et la facilité la fouille de données :

  • Méthode interactive de création de sous réseaux basée sur le résultat d’algorithmes de suggestions (méthode MetaboRank inspirée des algorithmes utilisés dans les réseaux sociaux). La méthode est disponible, un prototype a été réalisé mais il reste encore des étapes pour mettre cette approche en production.
  • La visualisation de données de flux métaboliques. Ces valeurs donnent une information quantitative sur les réactions du métabolisme. Elles sont représentées sur les arêtes du réseau. Il faut donc développer une fonctionnalité de représentation adaptée à ces données (prototype existant et experts au sein de l’équipe et plus largement dans le réseau de collaboration).
  • Intégrer d’autres types de visualisation : MetExplore est actuellement centré sur la visualisation de réseaux, mais la visualisation d’information offre d’autres types de représentations qui pourraient aider les experts du métabolisme dans leur génération d’hypothèse. L’objectif sera, en fonction des questions posées par les experts, de proposer et d’implémenter la représentation la plus adaptée.

Afin de faciliter la maintenance et le développement de nouvelles fonctionnalités, il est également prévu de modulariser la librairie en se basant sur la librairie Vue.js.

EXPERTISE

Les compétences suivantes sont attendues :

  • Master en informatique ou bioinformatique                                                      requis
  • JavaScript (ES6+), HTML 5, CSS                                                                    requis
  • Forge logicielle (e.g. GIT)                                                                                requis
  • Connaissances en D3js ou autre framework javascript de visualisation             +++
  • Expérience dans l’utilisation d’autres librairies de visualisation de données       ++
  • Expérience dans l’une de ces 3 librairies : Vue, React ou Angular                     ++
  • Intégration continue (e.g Jenkins)                                                                   ++

QUALITES

  • Bon relationnel et esprit d'équipe
  • Rigueur, autonomie, esprit initiative
  • Curiosité

NOUS REJOINDRE C’EST

  • Participer à la nouvelle génération d’outils de visualisation de données biologiques
  • Échanger et progresser techniquement
  • S’immerger dans le monde de la recherche

COMMENT CANDIDATER

Avant le 29 janvier 2021, envoyez les informations suivantes à Fabien.Jourdan@inrae.fr et Florence.Vinson@inrae.fr

  • CV
  • Lettre de motivation
  • Le contact de 2 personnes pouvant témoigner de votre expertise
Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente