Détermination d’un index de qualité des données métagenomiques issues du séquençage à haut débit. Une étude approfondie et appliquée à la littérature et aux données publiques

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

202 rue de la croix Nivert
75015 Paris
France

Contacts
Raynald de Lahondès
Email du/des contacts
stage2102@gmt.bio
Description

Keywords

metagenomics, shotgun sequencing, confidence index

Contexte

GMT SCIENCE est une société spécialisée dans l’étude du microbiote dans un cadre clinique. L’étude du microbiote dans le cadre des maladies humaines est aujourd’hui un domaine bien établi et un nombre croissant d’études et de données sont aujourd’hui publiques. Celles-ci sont potentiellement intéressantes dans le contexte des meta-études, notamment pour valider des hypothèses nouvelles. Cependant, des biais différents sont introduits dans les données pouvant provenir des protocoles de génération et d'analyse des données.

Motivation

Au vu des informations publiées avec données dans le cadre des publications scientifiques, nous souhaitons rechercher des métriques de qualification des données métagenomiques. Ceci a pour objectif de faire des sélections en toute connaissance de cause des données à utiliser dans les meta-études.

Existant

Liste des publications à chercher, équipe pluridisciplinaire, pipelines bioinformatiques et environnement HPC.

Objectifs

Le stagiaire devra, sous l’encadrement d’une équipe pluridisciplinaire, qualifier un certain nombre de datasets dans le but de leur exploitation selon les objectifs définis par la direction médicale et scientifique de GMT SCIENCE, d’abord sous l’angle bibliographique, ensuite sous un angle technique.
Le stagiaire sera formé à l’utilisation des outils de GMT SCIENCE sous Nextflow et Kubernetes.
Il participera à la création d’un système mixte de qualifications s’appuyant sur les éléments, cliniques et métagenomiques des échantillons.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente