Responsable du plateau bio-informatique CANTHER-XAI (IA pour la biologie des systèmes et la thérapeutique du cancer)

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Université de Lille Bât. SN3
59655 Villeneuve d'Ascq
France

Contacts
Mhamed Elati
Email du/des contacts
mohamed.elati@univ-lille.fr
Description

L’identification de réseaux de régulation impliqués dans des sous-types de cancers et la validation fonctionnelle de protéines de ces réseaux permettra d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques dans ces différents cancers et donc des traitements adaptés (médecine stratifiée). La modélisation de ces réseaux (analyse de leurs réponses à des perturbations) et l’étude de la plasticité de ces réseaux en fonction de la progression tumorale et des traitements devraient permettre d’identifier des combinaisons de traitements efficaces. Si l’identification d’une cible peut être faite par des méthodes à large échelle comme celle mise en place par le Broad/Novartis, l’identification de combinaisons de traitement ne peut se faire que par la compréhension fine des mécanismes impliqués dans la carcinogenèse.
Affiner la classification des cancers en incluant non seulement les données de la tumeur mais du microenvironnement et les données épidémiologiques conduira à la définition de sous-groupes plus homogènes et donc à une meilleure définition des réseaux et donc de cibles potentielles impliquées. L’identification de réseaux à partir du transcriptome de cellules uniques, domaine en émergence, ouvre la voie vers une médecine personnalisée.
L’approche bioinformatique que nous utilisons (I3-BioNet : inférence, interrogation et ingénierie des réseaux biologiques) et les différents outils que nous développons (LICORN, GREAT, CoRegNet, PEPPER, LatNet, CoRegFlux) depuis plusieurs années peuvent être appliqués à différents cancers.

Missions
L’ingénieur participera au programme de recherche et plateau technique CANTHER-XAI (http://canther.fr/fr/plateau-de-bioinformatique-canther-xai/) de biologie des systèmes et oncologie digitale transversale de l’UMR CANTHER et sera en collaboration avec les ingénieurs bio-informaticiens ainsi qu’avec les biologistes en poste. Il devra, en parti :
- analyser et résoudre les problématiques bio-informatiques dans le cadre des programmes de recherche des équipes
- réaliser la gestion et l'analyse des données « omiques » issues des plates-formes technologiques, et des données issues des études de terrain.
- Développer et maintenir des outils de traitements automatisés de données biologiques issus des travaux conjoints entre les équipes bio-informatiques et expérimentales et les appliquer dans le cadre de programme de recherche.
- Implémenter le portage des algorithmes développés vers des web-services ou vers des logiciels distribués sous R et Python (ou equivalent) pour mettre les méthodes et outils développés au service de la communauté scientifique.
- Rédiger des protocoles d’utilisation des outils et des méthodes mises en place.
- De plus, l’ingénieur pourrait être amené à consacrer une partie de son activité à l’animation de réunions bio-informatiques ainsi qu’à l’encadrement scientifique si nécessaire.

Connaissances :
- Connaissances approfondies dans le domaine la bio-informatique et de la bio-analyse données à large échelle (transcriptome, protéome, altérations génomiques, mutations, ChIP-seq, criblages fonctionnels à large échelle, DepMap) et des voies de signalisation (KEGG, Transpath, reactome, Biocarta, et Ingenuity.
- Connaissances approfondies en apprentissage statistique et profond (modèles de régression, Clustering, inférence et fouille de graphe, deep learning) et méthodes de modélisation, analyse et simulation de réseaux de régulation (concepts de la théorie des graphes, d’équations différentielles, les formalisations booléennes ou logique)
- Maitriser au moins un langage de programmation parmi Python et R. Des connaissances en Java, PHP et des technologies Web (JQuery, JSON…),Perl sont un plus et technologie liées aux Big Data.

Savoir-faire :
- Posséder des qualités rédactionnelles et de communication.
- Savoir formuler une problématique scientifique en termes techniques.
- Maîtriser l’anglais.

Aptitudes :
- Aptitude à travailler en équipe/à communiquer avec interlocuteurs divers (utilisateurs appartenant à différentes équipes de recherche).
- Aptitude à la conduite de projet.
- Sens des responsabilités.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente