Cycle d'apprentissage Genotoul BioInfo mars avril 2021

La plate-forme BioInfo Genotoul organise le cycle d'apprentissage ci-dessous en distanciel aux mois de mars et d'avril prochains. Ces sessions sont données en français avec un support rédigé en anglais. Elles s'adressent à des biologistes débutant en bio-informatique intéressés par la ligne de commande.

Linux 22/03/2021 9 h 00 - 17 h 00

Au cours de cette session de formation, vous apprendrez à vous connecter à une plateforme bio-informatique à l'aide d'un terminal sur votre poste de travail, à comprendre les bases d'un environnement Linux et comment l'utiliser, comment créer et manipuler des fichiers, comment les transférer de et vers votre ordinateur personnel.

Cluster HPC 23/03/2021 9 h 00 - 17 h 00

Au cours de cette session de formation, vous apprendrez comment fonctionne le cluster informatique de la plateforme BioInfo Genotoul et comment accéder aux banques de données locales. Vous allez lancer vos premiers traitements sur le cluster, les surveiller. Vous découvrirez également comment configurer les processeurs et la mémoire pour optimiser l'utilisation du cluster.

Utilisation de sed et AWK pour modifier de gros fichiers texte 24/03/2021 9 h 00 - 17 h 00

Vous souhaitez modifier certains caractères de la ligne 188765 de votre fichier? Vous souhaitez ajouter un en-tête à votre fichier? Vous souhaitez supprimer toutes les deux lignes de votre fichier? sed est l'outil que vous devez maîtriser. Cette commande polyvalente permet d'ajouter, supprimer, insérer, des éléments et des lignes dans fichier texte. Une fois que vous saurez comment gérer les lignes, vous apprendrez la commande AWK pour traiter les colonnes de vos fichiers. Réorganisation, suppression, concaténation et sélection de colonnes peuvent se faire en AWK. Les deux outils vous simplifieront la vie et vous permettront une recherche reproductible en conservant vos lignes de commandes dans un fichier README.txt. Le cours comprend de courtes présentations de commandes entrecoupées de longues sessions pratiques vous permettant de comprendre les idées générales ainsi que les détails de mise en œuvre.

Premiers pas en programmation AWK 25/03/2021 9 h 00 - 17 h 00

AWK permet de traiter facilement des colonnes dans de gros fichiers texte, mais c'est aussi un langage de programmation assez puissant. Cette session de formation vise à vous présenter les principes et les détails d'AWK. Vous en apprendrez davantage sur les variables, les tableaux et les dictionnaires. Comment les créer, les mettre à jour, les supprimer. Vous jouerez avec des boucles et des tests pour automatiser vos traitements. Par exemple, vous pouvez utiliser AWK pour générer vos lignes de commande Unix à lancer sur le cluster. AWK permet de traiter des millions de lignes dans des fichiers texte. Le cours comprend de courtes présentations de fonctionnalités entre de longues sessions pratiques.

Comment exécuter un workflow nf-core nextflow sur genotoul? 26/03/2021 9 h 00 à 17 h 00

Cette session de formation vise à apprendre la soumission de chaînes de traitement nf-core, la compréhension des erreurs et la reprise des travaux. Nous présenterons:
- le logiciel Nextflow
- la communauté nf-core et les pipelines
- Qu'est-ce qu'une image de singularity?
- Où sont installés les chaînes de traitement nf-core? Quelle version dois-je utiliser?
- Comment exécuter une chaîne de traitement et quel fichier de configuration est utilisé?
- Quel genre d'erreur puis-je obtenir?
- Comment reproduire l'erreur pour comprendre le problème?
- Comment reprendre les travaux après une erreur?
- Comment gérer les index génomiques?
- Comment surveiller mon processus et bien configurer ma chaîne de traitement?

Il ne s'agit PAS d'une formation bio-informatique sur une chaîne de traitement particulière NI d'une formation sur la façon de développer une chaîne de traitement.

Alignement de lectures RNAseq, quantification, découverte de transcrits et analyse différentielle 12/04/2021 - 15/04/2021 9 h 00 - 17 h 00

La plateforme de bio-informatique Toulouse Genotoul, en collaboration avec la plateforme Genotoul Biostatistics, l'équipe Sigenae et l'unité MIAT, organise une formation de 4 jours pour les bio-informaticiens et biologistes visant à l'apprentissage de l'analyse différentielle d'expression des gènes. Elle se concentre sur l'analyse de l'expression génique (codant pour les protéines) à l'aide de lectures produites par «RNA-Seq». Cette session de formation est conçue pour présenter les séquences de «NGS» (Next Generation Sequencing), en particulier les plates-formes Illumina (HiSeq, NovaSeq). Vous découvrirez les formats de fichiers standards, découvrirez les biais habituels de ce type de données et exécuterez différents types d'analyses, telles que l'alignement épissé sur un génome de référence, la découverte de nouveaux gènes et transcriptions, la quantification d'expression des gènes codants et de leurs transcrits. Enfin, vous pourrez extraire les gènes différentiellement exprimés.

Vous pouvez vous inscrire sur http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/training/
Les tarifs sont disponibles sur http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/pricing/

Date de début
Date de fin
Lieu

Castanet-Tolosan mais en distanciel
France

Type d'événement
Formation, Atelier, école thématique