Stage M1 - Recensement, évaluation et caractérisation des outils de partage de ressources génomiques d’organismes pathogènes

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Station Ifremer de La Tremblade
Avenue de Mus de Loup, Ronce-les-Bains
17390 La Tremblade
France

Contacts
Maude Jacquot
Email du/des contacts
maude.jacquot@ifremer.fr
Description

Objectifs du stage
Le Laboratoire de Génétique et Pathologie des Mollusques Marins (LGPMM) est coordinateur des laboratoires national et européen de référence pour les maladies des mollusques marins. Dans le cadre de la surveillance et la référence des organismes pathogènes des mollusques, les membres du LGPMM ont la volonté de développer et déployer un outil de partage de séquences génomiques et d'analyses associées. Cet outil permettrait i) d’amorcer une démarche d'harmonisation de stockage et de formatage des données génomiques en quantité importante et grandissante au laboratoire, ii) de valoriser au mieux ces données souvent sous exploitées, iii) de faciliter les échanges inter-laboratoires.
Le.la stagiaire sera en charge de recenser, évaluer et tester un panel d'outils existants (Nextstrain, Microreact, GLUE...) dédiés au partage de séquences et/ou de résultats d’analyses. Il.elle contribuera à l’identification de l’outil le plus pertinent pour une utilisation au sein du laboratoire, en fonction des attentes de ses différents membres. Pour ses tests, il.elle disposera et travaillera sur un jeu de données constitué de plusieurs génomes complets du virus OsHV-1, disponibles au laboratoire et obtenus dans le cadre de projets et des études antérieures (VIVALDI, Bivalife...). Il.elle fournira, in fine, une "preuve-de-concept" pour un déploiement de l’outil identifié à plus grande échelle.

Formation et compétences
Le.la stagiaire est en master 1 avec une spécialisation en bioinformatique (ou équivalent) Le.la candidat.e devra être familier.e avec l'environnement Unix et avoir de bonnes connaissances dans un langage de script (comme bash, perl, awk). Une expérience en traitement de données NGS et un intérêt pour les analyses évolutives et épidémiologiques seraient un plus. L'étudiant.e devra faire preuve d'esprit d'équipe, de curiosité et surtout de synthèse dans le travail qui lui sera confié.

Conditions
· Indemnité mensuelle de 600.60 euros si la durée du stage excède les 2 mois calendaires
· Un CV et une lettre de motivation devront parvenir à maude.jacquot@ifremer.fr
· La validation du stage sera effective après approbation de la candidature par le Directeur et les Ressources Humaines de Centre
· A noter : la date de début de stage est flexible
· Le stage pourrait s’effectuer en télétravail si les conditions sanitaires l'exigeaient et sous réserve de l’accord de la direction de Centre

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente