Bioinformatique en Parasitologie

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

UFR Santé, 22 bd Gambetta
76183 Rouen
France

Contacts
Loic Favennec
Romy Razakandrainibe
Email du/des contacts
loic.favennec@univ-rouen.fr
romy.razakandrainibe@univ-rouen.fr
Description

Le candidat rejoindra l'équipe EA7510 ESCAPE/ UMT Protorisk 2 dont les activités de recherche sont essentiellement focalisées sur l’épidémiosurveillance moléculaire de protozooses à transmission hydrique et alimentaire et l'impact de ces parasites sur les communautés microbiennes de l’hôte. Son expertise en analyse de données biologiques/bio-informatique génomique/biologie computationnelle viendra en soutien du développement récent des méthodes de séquençage haut-débit appliquées au laboratoire à l'échelle des communautés (métagénomique, métatranscriptomique) ou de souches isolées (séquençage de génomes complets). Par des approches faisant appel à la génomique/métagénomique comparative, à l'extraction de connaissance à partir des données générées (data mining), le candidat mettra en place un nouveau algorithme (pipeline) d’analyse afin de détecter des gènes impliqués dans la pathogénicité, la virulence et l’adaptation à l’hôte de certaines souches parasitaires, de détecter et de mettre en évidence des variants parasitaires isolés lors des épidémies, de documenter le retentissement de l’infection sur les communautés microbiennes.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente