12 mois/1 an

Omique des Diatomées

L'IE à recruter générera, sous la supervision de bioinformaticiens et d'informaticiens experts, un portail génomique ou « browser génomique » en libre accès dédié à la diatomée Phaeodactylum tricornutum. La ressource visera à :
- Améliorer la caractérisation structurale des gènes et caractériser où, quand et dans quelles conditions ils sont exprimés.
- Fournir une interface pour intégrer et comparer un ensemble de données publiques.
- Explorer cet ensemble de données publiques pour permettre aux chercheurs de trouver des preuves à l'appui des hypothèses émises.

Génomique/bioinformatique

Nous recherchons un chercheur de niveau post-doctoral qui a un fort background en génomique humaine qui connaît parfaitement les méthodologies de recherche d’association génétique sur le génome-entier (GWAS sur données de puce/NGS) et qui maîtrise les techniques et logiciels de traitement des données génomiques et de statistique génétique pour identifier ces associations. Sur le plan opérationnel, une forte compétence en informatique avec capacité de programmation (C, C++, python, R) et capacité à administrer les serveurs de l’équipe est nécessaire.

implementation of a cloud-based benchmarking platform for cellular deconvolution

The University Heidelberg is involved through the Health Data Science Unit (www.hdsu.org) in an international project funded by the European EIT Health program.
The goal of the COMETH project is to set up a benchmarking platform to perform cellular deconvolution i.e. determine cellular composition of patient samples from expression data (RNA-seq) or DNA methylation data. Within this project, we want to

Bioinformaticien·ne : machine learning pour découverte de biomarqueurs et conception de thérapie ciblée.

Mission Générale

L’ingénieur·e exercera ses activités dans l'équipe Inserm U981 à Gustave Roussy (Villejuif) dans le groupe gynécologie/ATIP3 dirigé par Clara Nahmias, en étroite collaboration avec Chloé-Agathe Azencott au Centre de Bioinformatique (CBIO) de Mines ParisTech & Institut Curie (U900).
Il ou elle sera basé·e à Gustave Roussy, et aura des interactions fréquentes avec le CBIO et l'U900, afin de bénéficier d'un environnement bio-informatique et machine learning.

Suberin biosynthesis and its role in adaption to waterlogging anddrought in woody perennials.

Global climate change is increasing several plant stresses like waterlogging and drought, raising majorconcerns for plant survival in both agro and forest-ecosystems. To cope with these stressful conditions plants have developed a wide range of mechanisms that oftenlead to a rapid and integrated reprogramming of gene expression patterns. In parallel to these whole transcriptomic responses, specific metabolic pathways may be activated.

Annotation de domaines protéiques dans des données métagénomiques et construction de sous-familles

Les enzymes responsables de la dégradation des polysaccharides (CAZymes) présentent une forte spécificité de substrat qui leur confèrent un pouvoir prédictif élevé à leur annotation/interprétation dans les génomes et métagénomes.
L'équipe de Glycogénomique à Marseille (http://www.afmb.univ-mrs.fr/glycogenomique) maintient depuis près de 30 ans la base de données CAZy (www.cazy.org), la classification de référence mondiale des CAZymes.

Ingénieur Bioinformaticien

Actuellement, la prédiction du succès ou de l’échec d’une greffe de rein reste difficile car les mécanismes immunologiques autour d’un greffon rénal sont mal connus. Afin d’améliorer le diagnostic de rejet de greffe, le projet KTD-innov intègre à grande échelle l'évaluation systématique des données cliniques, biologiques, immunologiques et moléculaires des patients.

C’est dans le cadre de ce projet RHU ambitieux que le candidat recruté aura pour mission d’analyser les données de transcriptome (RNA-Seq) issues des prélèvements des patients :