Un post-doctorat de 2 ans (avec possibilité de renouvellement jusqu’à deux ans supplémentaires) est ouvert dans l’Unité des Bactéries pathogènes entériques de l’ Institut Pasteur à Paris dans le but de mieux comprendre la structure des populations des Escherichia coli entéropathogéniques (EPEC) et mieux documenter l’émergence de la résistance aux antibiotiques grâce à une analyse génomique de souches historiques européennes.
Computational Biology Postdoc: Arnaout Lab at Beth Israel Deaconess Medical Center/Harvard Medical School (Boston, MA)
Overview:
The Arnaout Laboratory for Immunomics uses experiments, mathematics, and machines to decipher the human immunome. We are looking for a postdoc-level computational/systems biologist to operate and contribute to the informatics infrastructure required to make this happen.(http://www.arnaoutlab.org)
Responsibilities:
A 2 to 3-year post-doctoral position in viral computational biology and data analysis is available immediately to study the interaction networks between coronaviruses (including SARS-CoV-2) and the human host.
(from Pr. Micah Dunthorn)
Early next year a PhD position will open up in my research group. I am looking for a bioinformatician or computer scientist. The ideal candidate will know multiple programming languages (e.g., awk, bash, python, R; experience with C is a plus and with C++ is a double plus) and diversity programs (e.g., EPA, Genesis, RAxML, Swarm, Vegan, VSEARCH).
I have project ideas, but the project can be independent if it aligns with my group’s research interests:
Contexte scientifique spécifique : Premier centre européen de lutte contre le cancer, Gustave Roussy est un centre de soins, de recherche et d'enseignement, qui prend en charge des patients atteints de tout type de cancer. La plateforme de bioinformatique de Gustave Roussy a été créée pour répondre aux besoins de ses équipes de recherches. Elle propose différents services, allant de l’analyse de données de génomique au montage de projets en bioinformatique.
Ingénieur en Bioinformatique spécialisé dans l’analyse de données NGS
Contexte
Dans le cadre du projet régional Inspire (https://www.chu-toulouse.fr/-plateforme-inspire-) dans lequel il est fortement investi, le Centre de Physiopathologie de Toulouse Purpan (https://www.cptp.inserm.fr/) souhaite renforcer ses capacités d’analyse de données NGS en recrutant un ingénieur en bioinformatique.
At Department of Molecular Oncology, Institute for Cancer Research, OUH, we have two vacant positions as either postdoctoral fellow or researcher (depending on qualifications). The vacancies are for two years, with possibility for prolongation. The postdoc or researcher will be part of the Genome Biology Group. The group’s projects are directed towards improvement of cancer diagnosis and management by utilization of genome technologies. Particular emphasis is on translational research of prostate cancer.
Le Laboratoire DSIMB travaille sur des protéines impliquées dans des infections bactériennes et liées à des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Ces protéines MexA,MexB et OprM ou MexE, MexF et OprN, s’assemblent pour former des pompes à efflux qui vont ensemble extruder l’antibiotique. L’équipe effectue l’analyse fine des différentes structures protéiques constituant la pompe, et vise à prédire la structure du complexe.
Le Laboratoire DSIMB travaille sur des protéines impliquées dans des infections bactériennes et liées à des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Ces protéines MexA,MexB et OprM ou MexE, MexF et OprN, s’assemblent pour former des pompes à efflux qui vont ensemble extruder l’antibiotique. L’équipe effectue l’analyse fine des différentes structures protéiques constituant la pompe, et vise à prédire la structure du complexe.
L’ingénieur de Recherches (IGR) en Bionformatique et Modélisation Moléculaire rejoint l’équipe DSIMB le temps du projet afin d’assurer :
Prédiction et modélisation des assemblages MexA/MexB/OprM et MexE/MexF/OprN.
En partenariat avec deux IGE, il/elle explore la flexibilité des protéines et identifie les résidus clés de leur dynamique. Il/Elle met en place les stratégies pour prédire l’interaction entre partenaires par des approches de docking couplées à des simulations gros-grains afin de proposer des modèles d’assemblages
Développements Méthodologiques :