3 mois

Reconstruction du réseau métabolique de la bactérie Xanthomonas campestris

Contexte :
La bactérie Xanthomonas campestris pv. campestris est l’agent responsable de la pourriture noire, maladie la plus destructrice des plantes de la famille des Brassicaceae, dont de nombreuses espèces d’intérêt agronomique comme les choux. Mieux comprendre le métabolisme de cette bactérie permettrait d’élucider les processus d’adaptation grâce auxquels l’organisme infecte la plante et y prolifère, et donc d’imaginer de nouveaux moyens de lutte contre celui-ci.

M1 - biostatistiques - Visualisation de données en essais cliniques

Le logiciel Spotfire est un outil de visualisation de données dynamique et interactif permettant d’explorer en profondeur les données cliniques et d’apporter une aide à la décision dans les stratégies de développement.
L’objectif de ce stage est de développer des fonctions de calculs (R, ironPython) pour optimiser une interface sur Spotfire dédiée à la détection de signal en essais cliniques (tolérance médicamenteuse).

Modélisation de la structure des domaines cystéine de mucines

Contexte
Les mucines ou mucoprotéines sont des glycoprotéines qui confèrent un aspect visqueux au mucus. Celui-ci possède des propriétés fondamentales dans le monde du vivant comme par exemple en limitant la déshydratation de certaines algues, en augmentant la propriété hydrodynamique de certains animaux marins ou agissant comme une protection biologique des muqueuses contre des agressions microbiennes, des variations de pH ou des particules de l’air.

Bio-informatique

Intégration de données dans les hémopathies malignes des lymphocytes B matures : de la cohorte clinique aux données issues des soins.
Offre de stage de 3 mois
Laboratoire d'accueil : Clinique des données, CHU de Nantes, INSERM, CIC 1413, Pôle Hospitalo-Universitaire 11 : Santé Publique
Responsable scientifique : Pr. Pierre-Antoine Gourraud
Co-encadrants : Matilde Karakachoff et Thomas Goronflot
Lieu de réalisation du stage : OpenSpace de la Clinique des données, Hôtel Dieu Immeuble Jean-Monet, CHU de Nantes

Ingénieur en bioinformatique

L’Institut Hospitalo-Universitaire de MARSEILLE (13005), recherche un(e) ingénieur(e) en bioinformatique et génomique.

Missions : assemblage, annotations structurale et fonctionnelle, génomique comparative et phylogénie à partir de génomes microbiens issus de plateformes de séquençage (principalement Illumina et MinION). Exploration et analyses statistiques des données de métagénomique (16S et totales). Statistiques.