CDD Ingénieur

Context:
The KATY project, funded from the European Union’s Horizon 2020 Framework Programme, has set out to build a precise personalized medicine system empowered by Artificial Intelligence (AI). The novel AI tool aims to predict the response of kidney cancer to targeted therapies and identify the molecular evidence to support these predictions. Most importantly, the KATY system will offer human interpretable knowledge that clinicians and clinical researchers can trust, adequately evaluate and effectively use in their everyday working routine.

Mission principale: Analyse de données de transcriptomique.
La/Le candidat(e) devra normaliser et visualiser des données de transcriptomique (single cell RNA sequencing) générées au laboratoire. Elle/Il devra également comparer ces données avec des données publiques disponibles sur le web.

Les maladies mitochondriales font partie des maladies rares qui touchent une personnes sur 4300.
Leur spectre clinique est large et reflète une hétérogénéité génétique en partie liée à la double origine
génomique des protéines mitochondriales et de l’importance de l’hétéroplasmie mitochondriale dans
la pathogénicité du variant.

Le CRefIX (Centre de REFérence, d’Innovation, d’eXpertise et de transfert) est, avec les plateformes de séquençage et le centre d’analyse de données, une des trois structures clés du Plan France Médecine Génomique 2025 (FMG 2025) visant à déployer l’analyse génomique dans l’offre de soins.

Ingénieur.e(F/H) en analyse de données NGS

We are looking for a motivated bioinformatics engineer to join our ATIP-Avenir team Replication Program and Genome Instability at Institut Curie (Paris, France). The team focuses on using cutting-edge high-throughput genomic approaches and genome-wide data analyses to study the spatio-temporal replication program of the human genome and its impact on genome stability in normal and cancer cells.

Subject: Replication program of the human genome and its impact on genome instability

Missions
Au sein du projet ANR NeGA, l'ingénieur.e aura pour rôle d'aider à l'acquisition des données de
séquençage, de produire des assemblages, des annotations, et enfin de gérer l'ensemble de
ces données. L'ingénieur.e travaillera avec plusieurs laboratoires à Lyon et à Montpellier, ainsi
que sur différents modèles biologiques (crustacés, oiseaux, fourmis, papillons, drosophiles).
Activities
– Responsable de la gestion des données produites au sein du projet NeGA (organisation du
stockage et de l'accès aux données)

Ingénieur Bioinformaticien Diagnostic NGS maladies rares

Durée du poste: Temps Plein, Contrat à durée déterminée 1 an. Possibilité de CDI
Ville: Angers
Laboratoire: Service de génétique
Adresse:
Centre Hospitalier Universitaire d'Angers
Service de génétique
4 rue Larrey
49 933 Angers cedex 9

Nom et prénom du contact: Dr Navet Benjamin/Pr Procaccio Vincent

Mission principale: Analyse de données en vaccinologie et immunologie

Activités Activités principales :
- Analyse transcriptomique
- Analyse cytometrie multiparametrique
- Analyse bio-informatique (R, omiq, cytometrie de masse, cytometrie spectral)
- Analyse en biologie des systemes (ingenuity, et..)
- Analyse des résultats (logiciel : Excel et Prism, ImageJ, FlowJo)
- Analyse d’imagerie
Activités secondaires :
- Ecriture de rapport
- interprétation des résultats.
- Présentation à des séminaires internes.

# Developer positions -- Softwares and Galaxy workflows for Biotechnology

## Missions

We are seeking candidates to work on softwares, Galaxy nodes and workflow developments for biotechnology. The recruited persons will (1) benchmark tools we have already installed on the Galaxy-SynBioCAD.org portal and (2) develop new tools and workflows to design solutions to synthesize molecules in microorganisms and to implement these solutions on robotized workstations. Additional developments may be planned depending on the recruited candidate skills.