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Analyse comparée des méta-pangénomes d’Archaea : relier la diversité génomique des espèces aux écosystèmes / Comparative analysis of archaeal meta-pangenomes: linking genomic diversity of species to ecosystems

Une caractéristique des populations naturelles est que les individus qui les composent ne sont pas tous identiques d’un point de vue génétique. Dans le monde microbien, les variations génétiques entre les individus d’une même espèce consistent à la fois en de petites variations nucléotidiques de quelques bases mais aussi en la présence d'îlots génomiques hypervariables de plusieurs dizaines de kilobases situés entre des régions génomiques conservées.

Méthodes d’analyse comparée des pangénomes procaryotes : explorer la diversité génomique inter-espèces pour une meilleure compréhension du métabolisme

Ces dernières années ont vu l'explosion des projets de séquençage conduisant à un déluge de plusieurs centaines de milliers de génomes disponibles dans les banques publiques. Les approches de génomique comparée en microbiologie utilisent maintenant des milliers de génomes pour analyser la diversité d’une espèce. En effet, de nombreuses études se concentrent sur le contenu global en gènes d'une espèce (le pangénome) pour comprendre son évolution en termes de gènes communs et accessoires au regard de données épidémiologiques ou environnementales [1].

Etude génomique des interactions entre métabolismes musculaire et digestif : rôle dans le contrôle des réserves énergétiques chez le poulet de chair

Résumé : Chez le poulet, les réserves en glycogène jouent un rôle déterminant sur l’intégrité musculaire et la qualité de la viande. S’il existe un fort déterminisme génétique de ce caractère, les gènes et les mutations à l’origine de sa variation restent à élucider de même que les voies biologiques impliquées au niveau de l’animal.

PhD student position in Bioinformatics / Computational biology, Canada

Title: Large scale genomics analysis for the characterization of immune landscape and determinant of tumor immune infiltrate in pediatric tumors

A PhD position is available in the laboratory of computational biology at the Laval University, Quebec City, Canada. The objectives of this position will be to develop an integrated methodology using massive data to validate gene signatures in silico and to uncover mechanisms and functions of gene signatures.This position is funded by the for the next four years.

OrganoDyn: Organoid dynamic reconstruction across scales: how do cell motions build tissue shapes ?

Embryonic organoids are in vitro multi-cellular aggregates that self-organize and reproduce the hallmarks of morphogenesis. Within this class of in vitro systems, gastruloids recapitulate the first steps of mammalian development. Understanding how symmetry breaking arises spontaneously from homogeneous cell assemblies requires the interrogations of the functional link between temporal variations in single cell signaling, cellular cluster behavior, and organoid shape. While computer vision tools have been designed to measure the changes in cellular flow and general shape in such systems, the tracking of individual cells nested in those thick samples remains challenged by density, variable signal-to-noise ratio, limited acquisition framerate and the heterogeneous nature of motions. The PhD candidate will thus develop new approaches for the reconstruction of motions contribution, from single cell to multicellular flows. Inspired by our previous work on multiple particle tracking, we will investigate a graph-based approach for the tracking of individual cells using multiscale motion modeling, genetic expression modeling and model selection approaches. The student will also have the opportunity to use those tools to investigate how local signaling clusters may drive morphogenesis, and in turn, how the variations in system shapes may influence those local events.

PhD positions in interdisciplinary projects, in developmental biology, immunology and neuroscience

The Turing Centre for Living Systems (CENTURI) wishes to attract talented PhD students to the Luminy campus. To do so, CENTURI will fund up to 10 PhD positions to start in 2021. PhD students will work in an interdisciplinary life science environment, and have backgrounds in any of the following fields: cell or developmental biology, immunology, neurobiology, biophysics, theoretical physics, computer science, bioinformatics, applied mathematics, engineering.

Élaboration d’un algorithme de comparaison de structures de biomolécules qui combine des caractéristiques chimiques et biologiques

Nous proposons ce sujet de thèse "Élaboration d’un algorithme de comparaison de structures de biomolécules". Il s'agit d'un sujet algorithmique axé sur des données réelles.

Une description plus détaillée peut être trouvée sur :