INRAE

Assemblage hybride long/short reads, du génome de la tomate sauvage Solanum habrochaites et développement d’un pipeline pour l’analyse de données issues de QTL-seq.

PROPOSITION DE STAGE Master-2 bioinformatique année 2020-2021
Laboratoire : GAFL
Equipe d’accueil : Résistance Diversité et Durabilité (ReDD) et Informatique, Bio-analyses et Bio-statistiques (I2B)

INRA, Centre de Recherche d’Avignon
Unité de Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes
Domaine St Maurice
67 Allée des Chênes, 84140 Avignon.
https://www6.paca.inra.fr/gafl/

Variation structurelle d'une région génomique contrôlant la biosynthèse des tannins condensés chez la vigne sauvage et cultivée

By combining genotyping [1] and biochemical characterization of hundreds of cultivated grapes [2], we identified a genomic region controlling the hydroxylation of condensed tannins in the berry. This region, of about 0.6 Mbases, integrates 8 to 16 potentially functional copies of the candidate gene (hydrolase), framed by other genes and long sequences of repeated elements [3]. These hydrolases appear to be differentially expressed during berry development, impacting specifically the tannin composition, as compared to that of anthocyanins.

Rôle des éléments transposables dans la variabilité phénotypique des groupes horticoles d’agrumes propagés végétativement

Contexte en lien avec le projet ambition Corse : l’idéotype « clémentine » repose sur une structure génomique complexe d’origine interspécifique et s’est diversifié sans intervention de la recombinaison sexuée. Au sein du groupe variétal des clémentiniers, la diversité des traits agronomiques et de qualité résulte de mutations ponctuelles, de variations épigénétiques et du mouvement d’élément transposables qui ne sont pas traçable par les outils classiques de marquage moléculaire.

Ingénieur·e d'études développeur H/F en mobilité

Au sein de la direction pour la science ouverte (DipSO) INRAE, nous proposons en mobilité un poste d'ingénieur d'étude en développement logiciel, développeur·e full stack par passion avec une forte appétence pour le devops et le software mancraftship. Vous serez amené.e à travailler avec une grande diversité d'acteurs, sur des projets de toutes natures et sur l'ensemble du territoire. Vous devrez donc être curieux.se, aimer la science et être à son service.

Prédiction génomique intégrative de phénotypes complexes chez le peuplier à des fins de sélection

Vous mettrez en place une approche de biologie de systèmes pour la compréhension de l’architecture des interactions moléculaires et génétiques agissant sur l’expression du phénome des individus. Cet ensemble de phénotypes sera regardé dans un contexte populationnel avec gestion de l’apparentement.