CEA - GENOSCOPE

Séquençage nanopore et bioinformatique

Le Genoscope participe à de nombreux projets visant à séquencer le génome d’organismes modèles. La plateforme de séquençage du Genoscope génère une grande quantité de données à l'aide de la technologie commercialisée par Oxford Nanopore Technologies (ONT, https://nanoporetech.com/). Cette technologie permet de lire un fragment d’ADN qui transite dans un pore. Le passage du fragment d'ADN génère un courant électrique qui sera converti en bases à l'aide de logiciels, cet étape est appelée le basecalling.

M2 - Annotation de génomes de tiques

Dans le cadre d'un projet France Génomique (https://www.france-genomique.org/), le Genoscope réalise le séquençage de plusieurs génomes de tiques, dont Ixodes ricinus, vecteur de multiples pathogènes d'animaux vertébrés, comme la bactérie Borrelia burgdorferi responsable de la maladie de Lyme chez l'humain. L'analyse de ces génomes va permettre d'apporter un éclairage à l'échelle moléculaire de la diversité génétique de ces espèces, ainsi que sur la relation avec leurs pathogènes.