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Reconstruction du réseau métabolique de la bactérie Xanthomonas campestris

Contexte :
La bactérie Xanthomonas campestris pv. campestris est l’agent responsable de la pourriture noire, maladie la plus destructrice des plantes de la famille des Brassicaceae, dont de nombreuses espèces d’intérêt agronomique comme les choux. Mieux comprendre le métabolisme de cette bactérie permettrait d’élucider les processus d’adaptation grâce auxquels l’organisme infecte la plante et y prolifère, et donc d’imaginer de nouveaux moyens de lutte contre celui-ci.

M1: etude des dérèglements traductionnels par "ribosome profiling"

Descriptif du projet et de l'environnement de travail:
Ce stage s'inscrit dans un projet centré sur l'étude des dérèglements traductionnels par "ribosome profiling" dans le cas de la transition épithéliale-mesenchimateuses (EMT) chez l’Homme (Processus responsable des métastases). Cette approche originale permet d'avoir une vision globale de la traduction de tous les ARNm dans la cellule, grâce au séquençage massif des fragments d'ARNm protégés par le ribosome.

Analyse des altérations somatiques à l'échelle du génome dans le cancer de l'ovaire

Notre équipe du CIRC, le groupe Mécanismes Moléculaires et Biomarqueurs, étudie l’impact sur l'ADN des agents cancérigènes environnementaux qui peuvent être à l'origine de la formation de certains types de cancer.
Durant le stage proposé, l’étudiant(e) analysera en détail un ensemble de données de séquençage du génome entier (WGS) obtenues à partir prélèvements de tumeurs de cancers de l'ovaire, générés dans le cadre d’une recherche financée, et établira un lien entre les variations somatiques identifiées et l'exposition (ou les expositions) que les patients ont pu subir.