6 mois

Voies métaboliques de dégradation de sucres complexes par les bactéries commensales et utilisation comme marqueurs de microbiotes sains et dysbiotiques

Résumé du projet :

Le microbiote intestinal est l’ensemble des micro-organismes hébergés dans le tractus digestif de l’hôte tout au long de la vie. L’étude de cet écosystème microbien et de son incidence sur la santé est devenue un domaine de recherche majeur. Cette vaste communauté microbienne, hébergée dans l’intestin, exerce de nombreuses fonctions biologiques et métaboliques et confère de nombreux avantages à l’hôte [1].

M2: Recherche de nouveaux groupes taxonomiques majeurs dans des jeux de données métagenomiques

Les microorganismes cultivables en laboratoire ne représentent qu’entre 1 et 40% de la diversité microbienne[1]. Les études métagénomiques ont donc mis en évidence le pourcentage restant, appelé matière noire microbienne. Cette diversité environnementale constitue un vaste réservoir de variants très divergents de protéines d’intérêt, portés par des organismes non encore décrits[2,3], particulièrement dans les environnements extrêmes ou peu explorés.

Finalisation, validation, mise en forme et distribution d’un pipeline de transfert d’annotation entre génomes proches.

L’annotation de gènes à partir de données génomiques consiste à identifier, dans ces séquences, les régions dites « codantes » et d’en extraire un « modèle de gène » (structure intron/exon). Face à l’augmentation constante des données, de nombreuses analyses reposent, par nécessité, sur des annotations fournies par des pipelines génériques d’annotation automatique (tel que Augustus, Ensembl pipeline for gene annotation ou Gnomon).