Stage

Human primary gastrointestinal lymphomas account for less than 5% of all non Hodgkin lymphoma. Among them, “Indolent T-cell lymphoproliferative diseases of the gastrointestinal tract” (GI TLPD) is a very rare entity that has been recently described as clonal T-cell proliferation infiltrating the lamina propria with indolent clinical course but altered quality of life.Genomic and transcriptomic analyses would be very helpful to describe molecular events involved in their pathogenesis, identify diagnostic and prognostic markers and detect new therapeutic targets.

Offre d’alternance

Projet DerepMAX : Développement d’une application de chimie analytique pour le traitement de données de déréplication

Dans le cadre de la découverte de nouveaux produits naturels antibiotiques, Deinove réalise des prélèvements dans différents environnements.

• Thesis description:

• Description:
During tissue formation, transcriptional programs are deployed in a specific temporal order to ensure that progenitor cells first amplify and then differentiate to generate the functional cells of a mature organ. In principle, epigenetic marks on chromatin are used to limit the repertoire of genes that can possibly be dynamically regulated at a given time, ensuring robustness in transcriptional dynamics. However, the mechanisms that determine when and at which genes these epigenetic marks have to be deposited are unclear.

Les cloportes communs de l’espèce Armadillidium vulgare peuvent voir leur sexe déterminé par différents facteurs (Cordaux & Gilbert 2017). On reconnait des chromosome sexuels « standards » à hétérogamétie femelle (WZ/ZZ), la bactérie endosymbiotique Wolbachia qui féminise les mâles génétiques, un nouveau chromosome sexuel féminisant appelé élément f, provenant de l’insertion récente du génome presque complet de Wolbachia dans celui du cloporte (Leclercq et al. 2016), et un gène masculinisant, noté M, qui contrecarre l’action de f.

Description du stage
Le projet de recherche porte sur l’étude de maladies rares tumorales et non tumorales. Ce stage de M2 ou stage ingénieur de 6 mois sera centré sur l’analyse et l’intégration de données de type omique de natures variées obtenues à partir de différents types d’échantillons : cultures de cellules primaires traitées par des facteurs recombinants, tissus animaux déficients pour certains gènes ou sauvages, cultures de cellules tumorales.

Stage M2 Bioinformatique

Titre: Detecting enhancer transcriptional activity and enhancers binding origins using the ReMap regulatory catalogue.

Nous proposons un stage M2 de Bioinformatique, pour un(e) étudiant(e) ayant ambition de faire un thèse. 

 L'étudiant sera présenté aux concours de l'école doctorale d'Aix-Marseille Université. 

Proposition de stage de Master 2 Bioinformatique

Lieu du stage : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) / Laboratoire de sécurité des aliments (LSAL), sites de Maisons-Alfort / mission Genome Analyse Modélisation Risque (GAMeR)

Période : 6 mois en 2020 (période à définir avec l’étudiant(e))

Sujet : Automatisation et packaging conda d’un workflow visant à réaliser un « Genome wide association study » (GWAS) aux échelles des gènes accessoires et variants du coregénome

Mots clés résumant les méthodes et techniques à utiliser au cours du stage : Génomique comparative; Réseau métabolique; Biologie des systèmes; Evolution.

Résumé du projet de stage :

Dockerisation, génération de releases, tests unitaires, optimisation de code et benchmarks

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Contexte