Thèses et Habilitation à Diriger des Recherches

Nom Prénom Année Diplôme Title Université
Andreani Virgile 2020 Thèse Modelling and Efficient Characterization of Enzyme-Mediated Response to Antibiotic Treatments INRIA, Institut Pasteur
Neuvial Pierre 2020 HDR Contributions à l'inférence statistique pour des données génomiques Institut de Mathématiques de Toulouse
Paulevé Loïc 2020 HDR Réseaux booléens : méthodes formelles et outils pour la modélisation en biologie université de bordeaux 1
Agret Clément 2020 Thèse Étude des différentes approches d’indexation : du génome au pan-génome, Application aux génomes de riz Universite de Montpellier
Larmande Pierre 2020 HDR Intégration de Données Multi-Échelles et Extraction de Connaissances en Agronomie : Exemples et Perspectives Universite de Montpellier
Rigaill Guillem 2020 HDR Quelques développements statistiques et algorithmiques pour l'analyse de données génomiques​ Université Paris-Saclay
Quignot Chloé 2020 Thèse Exploration et de la modélisation structurale d’interactions protéiques guidées par l’information évolutive CEA Saclay
Moulin Cécile 2020 Thèse Analyse des voies métabolique au cours du cycle cellulaire : application au métabolisme du cancer Université Paris saclay
Guyon Laurent 2020 HDR Sélection de gènes et interprétation, focus sur miARN et cancer CEA grenoble
Gautreau Guillaume 2020 Thèse Conceptualisation et exploitation d’un graphe de pangénome partitionné comme représentation compacte de la diversité du répertoire génique des espèces procaryotes CEA - GENOSCOPE
Opuu Vaitea 2020 Thèse Computational design of proteins and enzymes Ecole Polytechnique
Meistermann Dimitri 2020 Thèse Modélisation du développement préimplantatoire humain à partir de données de transcriptome de cellule unique CNRS UMR 6286, université de Nantes
Hulot Audrey 2020 Thèse Analyse de données -omiques : clustering et inférence de réseaux IPS2 - Institut des Sciences des Plantes de Paris Saclay
Bidaut Ghislain 2020 HDR Approches d'intégration de données haut débit dans l'interactome humain Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille, U1068 Inserm
Pauvert Charlie 2019 Thèse Comparaison et évaluation d’approches bioinformatiques et statistiques pour l’analyse du pathobiome des plantes cultivées Université de Bordeaux
Hernandez Céline 2019 Thèse Dynamical modelling of T cell inhibitory mechanisms in the immune response to cancer Ecole Normale Supérieure de Paris
Koch Mathilde 2019 Thèse Modélisation pour la conception et l’analyse de circuits métaboliques synthétiques MICALIS - INRA Jouy en Josas
Ferré Arnaud 2019 Thèse Représentations vectorielles et apprentissage automatique pour l’alignement d’entités textuelles et de concepts d’ontologie : application à la biologie Université Paris-Saclay
Gautier Romain 2019 HDR L'apport de la bio-informatique structurale dans la biologie moléculaire des membranes UMR7275 Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire Univ Nice Sophia Antipolis
De Boër Jocelyn 2019 Thèse Indexation et comparaison d’une grande quantité de données génomiques à l’aide d’algorithmes pour le traitement d’images Université de Dlermont-Ferrand
Peres Sabine 2019 HDR Metabolic pathway analysis : from constraint-based modelling to dynamical analysis LRI
Michalik Juraj 2019 Thèse Echantillonage sans remise en Bioinformatique des Acides RiboNucléiques Ecole Polytechnique
Koch Mathilde 2019 Thèse Modélisation pour la conception et l’analyse de circuits métaboliques synthétiques MICALIS - INRA Jouy en Josas
Platon Ludovic 2019 Thèse Algorithmes pour l'identification et la classification ab initio des ARN non-codants Université d'Evry Val d'Essonne
Legendre Audrey 2019 Thèse Prédiction de structures secondaires d’ARN et de complexes d’ARN avec pseudonoeuds - Approches basées sur la programmation mathématique multi-objectif Université d'Evry Val d'Essonne
Coulet Adrien 2019 HDR Mises en correspondances de données, textes et connaissances pour la découverte de connaissances biomédicales CNRS, LORIA
Chèneby Jeanne 2019 Thèse Etude des éléments cis-régulateurs : identification et caractérisation Aix Marseille Université
Trébulle Pauline 2019 Thèse Modélisation multi-échelles de réseaux biologiques pour l'ingénierie métabolique d'un châssis biotechnologique MICALIS, Université de Lille
Calzone Laurence 2019 HDR Cancer Network Modelling: towards precision medicine Ecole Normale Supérieure
David Matthieu 2019 Thèse Découverte de modifications chimiques portées par les protéines : identification rapide de jeux de spectres de masse sans filtre de masse CNRS UMR 6286, université de Nantes
Sultan Ibrahim 2019 Thèse Statistical Modeling of Bacterial Promoter Sequences for Regulatory Motif Discovery Université Paris-Saclay
Frioux Clémence 2018 Thèse Investigating host-microbiota cooperation with gap-filling optimization problems Université de Rennes
Maumus Florian 2018 HDR Evolution and Impact of Transposable Elements and Viruses Université Paris-Saclay
Villa Francesco 2018 Thèse Computer simulations to engineer PDZ-peptide recognition Ecole Polytechnique
Baudot Anaïs 2018 HDR biologie des réseaux pour l’étude des maladies Université de Marseille
Marchet Camille 2018 Thèse From reads to transcripts: de novo methods for the analysis of transcriptome second and third generation sequencing Université de Rennes
ZAHARIA Alexandra 2018 Thèse Identification des motifs de voisinage conservés dans des contextes métaboliques et génomiques Université Paris-Saclay
Jouffroy Ophélie 2018 Thèse Approches in silico de l'impact des éléments transposables sur la régulation de l'expression des gènes AgroParisTech
Plaza Oñate Florian 2018 Thèse Reconstitution de pan-génomes microbiens par séquençage métagénomique aléatoire - Application à l'étude du microbiote intestinal humain CentraleSupelec
Miraglio Benjamin 2018 Thèse Modélisation informatique pour l'évaluation toxicologique
Razzaq Misbah 2018 Thèse Intégration de données de séries temporelles phosphoprotéomiques dans des réseaux de connaissances antérieurs Ecole Centrale
Nicolas Pierre 2018 HDR Modélisation statistique et analyse de données, du génome au transcriptome Université Paris-Saclay
Laporte Fabien 2018 Thèse Développement de méthodes statistiques pour l’identification de gènes d’intérêt en présence d’apparentement et de dominance, application à la génétique du maïs Université Paris-Saclay ; EDMH
BESSIERE Chloé 2018 Thèse Étude des éléments régulateurs de l’expression des gènes chez l’humain Universite de Montpellier
Aubert Julie 2017 Thèse Analyses statistiques de données biologiques à haut-débit AgroParisTech
Héliou Amélie 2017 Thèse Conformations moléculaire et théorie des jeux
REMY Élisabeth 2017 HDR Modélisation logique pour l’analyse des réseaux de régulation biologiques Aix-Marseille Université
Rudewicz Justine 2017 Thèse Méthodes bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage dans le contexte du cancer Université de Bordeaux
Martin Juliette 2017 HDR Bioinformatique Structurale des Interactions Protéine-Protéine ENS Lyon
RAU Andrea 2017 HDR Statistical methods and software for the analysis of transcriptomic data Université d’Evry-Val-d’Essonne