Mots-Clés

génomique assemblage annotation RNA-seq

Description

Missions

L’ingénieur en bioinformatique aura pour mission de mener un projet d’analyse de données génomiques (ADN et ARN) dans le cadre d’un projet sur la régulation de la formation des crossovers méiotiques chez le champignon filamenteux Sordaria macrospora.

Activités

Concevoir et réaliser des développements bioinformatiques et de biostatistiques :
- Assemblage de novo d'un génome de champignon (35Mb) à partir de données Illumina et PacBio/Nanopore
- Annotation du génome grâce à des données de RNA-seq chez le sauvage
- Analyse de données RNA-seq chez des mutants
- Définir, mettre en oeuvre et mettre à jour un Plan de Gestion de Données (PGD)

Toutes les données sont déjà disponibles.

Compétences

- Formation en bioinformatique
- Expérience de programmation pour l’analyse de données de séquençage ADN
- Expérience de programmation pour l’analyse de données de séquençage ARN
- Expérience en biostatistiques
- Gestion de workflow
- Rigueur et autonomie
- Connaissances en génomiques et génétiques (transcription, recombinaison)
- Sens des responsabilités
- Bonne capacité de communication, notamment avec des non bioinformaticiens
- Excellentes qualités relationnelles.

Contexte de travail

L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) rassemble de nombreuses équipes de recherche travaillant sur tous les aspects de la cellule, des constituants cellulaires jusqu'à l'interaction des cellules entre elles.
Le département Biologie des Génomes se focalise sur l'étude du matériel génétique. L'Equipe Appariement et Recombinaison Méiotique s'intéresse aux mécanismes moléculaires de la méiose, une étape clé de la reproduction sexuée. Le projet porte sur la caractérisation de différents acteurs régulant la formation des crossovers méiotiques, échanges réciproques d’ADN entre chromosomes homo- logues qui ont lieu pendant la méiose.

Nous utilisons pour ce faire deux organismes modèles : la plante Arabidopsis thaliana et le champignon filamenteux Sordaria macrospora.

Possibilité de restauration CNRS + remboursement partiel des frais de transport en commun.