Histoire de la SFBI

Brève histoire de la SFBI | Les 20 ans des JOBIM | Historique du bureau de la SFBI

Une brève histoire de la SFBI

Auteur : Alain Guénoche (Janvier 2018)

La renaissance de la bioinformatique en France eut lieu grâce à une école, organisée à Massy-Palaiseau début Avril 1991 par Alain Hénaut. Il avait invité les plus grands noms de la Biologie Moléculaire française à présenter les problèmes  méthodologiques liés aux analyses des séquences d'ADN, ARN ou d'acides aminés. Tous s'adressaient à un public de chercheurs et d'enseignants-chercheurs en Mathématique et Informatique prêts à diriger des thèses sur ces questions. J'ai eu la chance d'y participer. On nous a exposé les problèmes : le séquençage (assembler des morceaux de séquences), la recherche de séquences similaires dans une base de séquences, la prédiction des structures bi et tri dimensionnelles des ARN et des protéines, la recherche efficace de motifs communs ou spécifiques (exacts ou approchés) entre deux ou plusieurs séquences, la phylogénie moléculaire, etc. Au bout de ces cinq jours, j'ai complètement adhéré à ce thème de recherche.

Je dis renaissance et non pas naissance, car il y avait bien sûr de la recherche dans ce domaine, ne serait-ce qu'au Génoscope (pas encore à Evry, mais qui proposait déjà des séquences de génome humain fortement colorées de celui de la levure), ou dans des équipes de laboratoires pionniers comme le LBBE, à Lyon ou l'Atelier de Bioinformatique (ABI) à Paris.

De cette école de Massy-Palaiseau, sont nés un GDR Génomes et Informatique, des groupes de travail sur différents  thèmes de recherche en bioinformatique  et une commission chargée de rédiger des appels d'offres, de sélectionner les projets et de distribuer les crédits accordés par le CNRS. Cette commission d'experts a fonctionné plusieurs années et a fini par être appelée "commission d'auto-distribution" tant la part de crédit que ses membres s'attribue était importante ! Elle organisait aussi une réunion nationale annuelle, où essentiellement les doctorants venaient présenter leurs travaux de thèse. A cette époque, la communauté bioinformatique n'était pas très nombreuse, une centaine de chercheurs et d'enseignants-chercheurs, et tout le monde savait qui faisait quoi dans ce Landerneau d'Info-Bio-Math, car c'est ainsi qu'il aurait fallu l'appeler. C'est à cette époque que sont nés les véritables groupes de travail thématiques (par exemple le groupe Alphy né en 1992) qui ont organisé leur propres réunions.

En 2000, Olivier Gascuel, qui montait son équipe à Montpellier et Marie-France Sagot de l’Institut Pasteur, ont décidé d'organiser un vrai colloque, avec conférenciers étrangers invités, comité de programme sélectif, et actes publiés (LNCS). Les origines brésiliennes de Marie-France ont beaucoup influé sur son nom : JOBIM. La première édition a eu lieu à Montpellier à l'automne 2000. Vu le succès, la série s'est prolongée et une commission (dite JOBIM Canal Historique) désignée par les fondateurs prenait en charge la désignation des futurs organisateurs, en fonction des rares propositions qu'il fallait susciter. J'en ai fait partie certaines années, et je trouvais que la communauté info-bio-math manquait de structuration.

Je venais d'une famille math-info dans laquelle les sociétés savantes sont de mise, à l'instar de la fameuse SMF, largement subventionnée par le CNRS. Plus modestement, la Société Française de Classification (SFC), adhérente de l'International Federation of the Classification Societies (IFCS) organisaient des colloques nationaux, (tous les ans) et internationaux (tous les deux ans), éditait un bulletin d'informations (News and Books) et il me semblait qu'il était temps de faire de même. En accord avec la commission JOBIM, prête à lui confier ses fonctions, je me suis lancé dans les démarches administratives pour créer à Marseille une association loi de 1901, la Société Française de Bionformatique (SFBI).

Ces démarches ne sont pas très contraignantes. Il faut rédiger des statuts et je me suis inspiré de ceux de la SFC. Il faut présenter un bureau composé de trois membres au sein d'un conseil qui en comporte neuf, de façon à couvrir plus ou moins largement les villes où il y avait d'importantes équipes. Il faut aussi déposer les statuts à la préfecture et donner une adresse, la mienne. Le premier conseil était composé de : Vice-présidents Jean Lobry et Claudes Thermes, Trésorier Joël Pothier, Webmaître Laurent Mouchard, Secrétaires Nicolas Galtier et Jacques Nicolas, Rédacteurs Hidde de Jong et Yves Quentin. Je ne pouvais faire autrement que de me désigner président. Ainsi, la SFBI fut créée le 1er Juin 2005.

Le plus important à trouver était le webmaître et heureusement que Laurent Mouchard, qui s'occupait déjà  de la liste bioinfo, a bien voulu réaliser un premier site, car j'étais incapable de le faire (et je le suis toujours). Dans mon esprit, ce site devait rendre accessible à tous, adhérents ou non, un certains nombre de rubriques :

- le recensement des équipes constituées,
- l'enseignement universitaire et les écoles d'été,
- le répertoire des thèses et habilitations,
- les postes mis aux concours CNRS, INRA, INRIA, INSERM, IRD, Universités, postdoc, etc..
- les appels d'offre des contrats de recherche,
- des notes de lecture sur les livres,
- la désignation du groupe qui prend en charge l'organisation de la conférence nationale JOBIM.

Les membres du bureau en auraient été les rédacteurs et le webmaître les auraient mises en ligne. Au premier renouvellement du bureau, après un an d'exercice, j'ai laissé ma place à Guy Perrière, qui l'a laissé en 2010 à Sophie Schbath . C'est elle qui a repris les choses en main sérieusement, à commencer par le site informatique, et qui a ajouté l'importante rubrique des offres d'emplois triées. Après six ans d'un activisme soutenu - son image de marque - elle a passé la main à Morgane Thomas-Chollier, à qui je souhaite une longue présidence.

Et qu'en est-il de JOBIM ? Depuis Montpellier qui a repris l'organisation en 2010, une dizaine de villes universitaires ont établi une sorte de ronde, de laquelle Montréal est sorti et peut être qu'une ville suisse entrera, pour prendre en charge l'organisation de plus en plus lourde du colloque qui réunit de quatre à cinq cents personnes. Faute de candidature en 2007, j'avais, avec Bernard Jacques, désigné Marseille. Onze ans plus tard, Christine Brun, autrefois co-présidente du comité de programme, a repris la charge et je souhaite d'une part son succès et d'autre part que la ronde persiste.

Les 20 ans des JOBIM

Auteur : Anna-Sophie Fiston-Lavier (Décembre 2021)

Avec l'accompagnement étroit de Morgane Thomas-Chollier, présidente, Hélène Chiapello, vice-présidente et Julien Fumey, membre du bureau, Vincent Lefort et moi avons organisé tant bien que mal la 21ème édition des JOBIM à Montpellier sous la coupe d'une crise sanitaire sans précédent (COVID-19). Nous avons acté avec le comité d'organisation pour maintenir cette édition en passant par un format en distanciel. Avec plus de 700 inscrits, la communauté a montré son dynamisme et l'importance des JOBIM pour notre communauté.

A l'occasion des 20 ans, nous avons eu l'honneur de recevoir comme invité les investigateurs des JOBIM, Marie-France Sagot et Olivier Gascuel pour un discours d'ouverture. La SFBI vous propose de redécouvrir ces discours et quelques souvenirs des 20 des JOBIM sur cette page dédiée.

Désireuse de participer à ce dynamisme, je me suis présenté pour rejoindre le bureau de la SFBI en 2020. Après Morgane Thomas-Chollier et Julien Fumey, aussi ancien président des "Jeunes Bioinformaticien de France", c'est avec honneur que j'ai repris la lourde charge de présidente de la SFBI depuis 2021. Sur la même ligne des précédent(e)s président(e)s, j'espère pouvoir maintenir la bienveillance de notre communauté envers les jeunes bioinformaticiens tout en s'ouvrant vers plus de communication et liens avec d'autres sociétés savantes. Pour cela, je remercie par avance les membres du bureau, les bénévoles qui travaillent depuis plusieurs années dans l'ombre pour la SFBI et depuis l'automne 2021 notre collège d'experts, composé d'anciens membres du bureau de la SFBI, qui a pour rôle de conseiller pour le bureau sur les questions les plus sensibles touchant au devenir et évolution de la SFBI.

Historique du Bureau

Historique de la composition du bureau depuis 2006.

​​2006

• Anne-Claude Camproux, EBGM, Univ. Paris VII
• Richard Christen, CNRS UMR 6543, Univ. de Nice
• Alain Guénoche, IML, Univ. de Marseille-Luminy
• Laurent Mouchard (maître-toile), ABISS, Univ. de Rouen
• Guy Perrière (président), LBBE, Univ. de Lyon1
• Joël Pothier (trésorier), ABI, Univ. Paris VI
• Bernard Prum, Lab Stat. et Génomes, Univ. d’Évry
• Céline Rouveirol, LRI, Univ. Paris-Sud
• Hélène Touzet, LIFL, Univ. de Lille 1

2007 

• Anne-Claude Camproux, EBGM, Univ. Paris VII
• Alain Guénoche, IML, Univ. de Marseille-Luminy
• Catherine Letondal (maître-toile), Institut Pasteur
• Jean Lobry, BBE, Univ. Lyon I
• Guy Perrière (président), BBE, Univ. Lyon I
• Joël Pothier (trésorier), ABI, Univ. Paris VI
• Eric Rivals, LIRMM
• Céline Rouveirol, LRI, Univ. Paris-Sud
• Hélène Touzet, LIFL, Univ. Lille I

2008

• Alexande de Brevern, EBGM, Univ. Paris VII
• Alain Guénoche, IML, Univ. de Marseille-Luminy
• Catherine Letondal (maître-toile), Institut Pasteur
• Jean Lobry, BBE, Univ. Lyon I
• Claudine Médigue, AGC, Génoscope
• Guy Perrière (président), BBE, Univ. Lyon I
• Joël Pothier (trésorier), ABI, Univ. Paris VI
• Eric Rivals, LIRMM
• Pierre Tuffery, EBGM, Univ. Paris VII

2009

• Alexandre de Brevern, DSIMB, Paris
• Céline Brochier, IBSM, Marseille
• Alain Guénoche , IML, Marseille
• Jean Lobry, BBE, Univ. Lyon I
• Claudine Médigue, AGC, Génoscope
• Guy Perrière, LBBE, Lyon
• Joël Pothier  (trésorier), ABI, Univ. Paris VI
• Eric Rivals, LIRMM
• Pierre Tufféry , EBGM, Univ. Paris VII 

2010

• Alexandre de Brevern, DSIMB, Paris
• Céline Brochier, IBSM, Marseille
• JC Gelly (maître-toile), DSIMB, Paris
• Alain Guénoche, IML, Marseille
• Guy Perrière, LBBE, Lyon
• Joël Pothier (trésorier), ABI, Univ. Paris VI 
• Sophie Schbath, MIG, Jouy
• Stéphane Téletchéa , LPRO, Nantes
• Pierre Tufféry, EBGM, Univ. Paris VII

2011

• Alexande de Brevern, DSIMB, Paris
• Alain Guénoche, IML, Marseille
• Céline Brochier, IBSM, Marseille
• Jean-Christophe Gelly (maître-toile), DSIMB, Paris
• Guy Perrière, LBBE, Lyon
• Joël Pothier, ABI, Paris
• Sophie Schbath (présidente), MIG, Jouy
• Pierre Tuffery, MTI, Paris
• Stéphane Téletchéa (trésorier), LPRO, Nantes

2012

• Céline Brochier, LBBE, Lyon
• Jean-Christophe Gelly (maître-toile), DSIMB, Paris
• Alain Guénoche, IML, Marseille
• Magali Michaut, Université de Toronto
• Laurent Mouchard, Université de Rouen
• Guy Perrière, LBBE, Lyon
• Sophie Schbath (présidente), MIG, Jouy
• Stéphane Téletchéa (trésorier), LPRO, Nantes
• Pierre Tuffery, MTI, Paris

2013

• Virginie Bernard, Institut Curie
• Céline Brochier, LBBE, Lyon
• Marie Chabbert, Université d'Angers
• Valentin Guignon (maître-toile), Bioversity, Montpellier
• Magali Michaut, Netherlands Cancer Institute, Amsterdam
• Laurent Mouchard, Université de Rouen
• Sophie Schbath (présidente), MIG, Jouy
• Stéphane Téletchéa (trésorier), DSIMB, Paris
• Pierre Tuffery, MTI, Paris

2014 

• Virginie Bernard, Institut Curie
• Céline Brochier, LBBE, Lyon
• Marie Chabbert, Université d'Angers
• Hélène Chiapello, MIAT, INRA, Toulouse
• Valentin Guignon (maître-toile), Bioversity International, Montpellier
• Pierre Peterlongo, IRISA, Rennes
• Sophie Schbath (présidente), MIG, Jouy
• Stéphane Téletchéa (trésorier), DSIMB, Paris
• Morgane Thomas-Chollier, ENS, Paris

2015 

• Virginie Bernard, Institut Curie
• Marie Chabbert, Université d'Angers
• Hélène Chiapello, MIAT, INRA, Toulouse
• Julien Fumey, CNRS, Gif
• Valentin Guignon (maître-toile), Bioversity International, Montpellier
• Pierre Peterlongo, Inria, IRISA, Rennes
• Sophie Schbath (présidente), MIG, Jouy
• Stéphane Téletchéa (trésorier), UFIP, Nantes
• Morgane Thomas-Chollier, ENS, Paris

2016 

• Virginie Bernard (vice-présidente), Institut Curie (2013-2019)
• Marie Chabbert, Université d'Angers (2015-2018)
• Hélène Chiapello, MIAT, INRA, Toulouse (2014-2017)
• Marc Deloger (trésorier), Gustave Roussy, Villejuif (2016-2019)
• Julien Fumey, CNRS, Gif (2015-2018)
• Valentin Guignon (maître-toile), Bioversity International, Montpellier (2012-2018)
• Samuel Mondy, INRA, Dijon (2016-2019)
• Pierre Peterlongo, Inria, IRISA, Rennes (2014-2017)
• Morgane Thomas-Chollier (présidente), ENS, Paris (2014-2017)

2017

• Virginie Bernard (vice-présidente), Institut Curie (2013-2019)
• Marie Chabbert, Université d'Angers (2015-2018)
• Hélène Chiapello, INRA, Toulouse (2014-2020)
• Marc Deloger (trésorier), Inserm U900 Institut Curie, Paris (2016-2019)
• Julien Fumey, CNRS, Gif-sur-Yvette (2015-2018)
• Valentin Guignon (maître-toile), Bioversity International, Montpellier (2012-2018)
• Alexandra Louis, CNRS, IBENS, Paris (2017-2020)
• Samuel Mondy, INRA, Dijon (2016-2019)
• Morgane Thomas-Chollier (présidente), ENS, Paris (2014-2020)
Le serveur web est conjointement géré par Valentin Guignon et Yannick Boursin (Gustave Roussy)

2018

• Virginie Bernard, Institut Curie, Paris (2013-2019)
• Hélène Chiapello (vice-présidente), INRA, Jouy-en-Josas (2014-2020)
• Marc Deloger (trésorier), Inserm U900 Institut Curie, Paris (2016-2019)
• Sarah Djebali-Quelen, INRA, Toulouse (2018-2021)
• Julien Fumey, CNRS, Gif-sur-Yvette (2015-2018)
• Alexandra Louis, CNRS, IBENS, Paris (2017-2020)
• Samuel Mondy, INRA, Dijon (2016-2019)
• Laurent Mouchard, Université de Rouen (2018-2021)
• Morgane Thomas-Chollier (présidente), ENS, Paris (2014-2020)
Le serveur web est conjointement géré par Valentin Guignon et Yannick Boursin (Gustave Roussy)

2019 

• Morgane Thomas-Chollier (présidente), ENS, Paris (2014-2020)
• Hélène Chiapello (vice-présidente), INRA, Jouy-en-Josas (2014-2020)
• Marc Deloger (trésorier), Inserm U900 Institut Curie, Paris (2019-2022)
• Alexandra Louis, CNRS, IBENS, Paris (2017-2020)
• Julien Fumey, Institut Pasteur, Paris (2015-2021)
• Samuel Mondy, INRA, Dijon (2019-2022)
• Sarah Djebali-Quelen, INRA, Toulouse (2018-2021)
• Matthias Zytnicki, INRA, Toulouse (2019-2022)
• Erwan Corre, CNRS, Roscoff (2019-2022)
Le serveur web est conjointement géré par Valentin Guignon et Yannick Boursin (Gustave Roussy)

2020

• Julien Fumey, Institut Pasteur, Paris (2015-2021)
• Anna-Sophie Fiston-Lavier, Université de Montpellier, Montpellier (2020-2023)
• Matthias Zytnickin, INRAE, Toulouse (2019-2022)
• Marc Deloger, Institut Gustave Roussy, Villejuif (2016-2022)
• Yves Clément, Université de Paris, Paris (2020-2023)
• Maria Bernard, INRAE, Jouy-en-Josas (2020-2023)
• Erwan Corre,  CNRS, Roscoff (2019-2022) 
• Sarah Djebali, Inserm, Toulouse (2018-2021)
• Samuel Mondy, INRAE, Dijon (2019-2022)

2021

• Présidente Anna-Sophie Fiston-Lavier 2020-2023 Université de Montpellier, Montpellier
• Vice-Président Matthias Zytnicki 2019-2022 INRAE, Toulouse
• Vice-Présidente Maria Bernard 2020-2023 INRAE, Jouy-en-Josas
• Trésorier Yves Clément 2020-2023 Université de Paris, Paris
• Vice-Trésorier Cyril Noël 2021-2024 XXXX
• Marc Deloger 2016-2022 Institut Gustave Roussy, Villejuif
• Erwan Corre 2019-2022 CNRS, Roscoff
• Elodie Darbo 2021-2024 Université de Bordeaux
• Delphine Potier 2021-2024 Centre d'Immunologie de Marseille-Lumin