Actualités

Bulletin SFBI 2022 #2

La SFBI est heureuse de vous présenter son deuxième bulletin d'information 2022. Vous recevrez chaque trimestre un mail de synthèse sur les principales nouvelles de la communauté SFBI, ainsi que les activités de la SFBI et actions en cours. En complément de ce mail, nous vous invitons à découvrir et lire les actualités sur le nouveau site de la SFBI et celles du site des Bioinfomations. Ce dernier site regroupe les articles des actualités de la SFBI, les Jeunes Bioinformaticiens de France, Bioinfo-fr.net, IFB et du GDR-BIM.

Dans ce bulletin, vous trouverez des informations importantes sur JOBIM2023 et la conférence ISMB/ECCB2023.




Sites - Contacts locaux

 

Pour plus d’informations bientôt sur :

https://jobim2023.sciencesconf.org/


Interview de Patricia Thébaut et Romain Bourqui

 

L'expert (en bioinformatique) au coeur du système (informatique)

 

Cartes d’identité : 

  • Patricia Thébaut
 
  • Romain Bourqui
  • statut : Maître de conférence en bioinformatique
  • formation : DEA en Biochimie, DESS en informatique, doctorat en bioinformatique.
  • poste : Enseignement de la bioinformatique dans différents parcours de master (bioinformatique, cancer, génétique) dans l’unité de formation de biologie de l’université de Bordeaux. Recherche dans le domaine de la bioinformatique appliquée à la compréhension des systèmes biologiques au LaBRI.
 
  • statut: Maître de conférences en informatique
  • formation : Master en informatique théorique, doctorat en visualisation de l’information appliquée aux données biologiques
  • poste : Enseignement de l’informatique au département informatique de l’IUT de Bordeaux et intervention dans le Master de bioinformatique pour l’introduction à la visualisation de données. Recherche dans le domaine de la visualisation de données massives au LaBRI.

 

Entretien :

Quelle est la question scientifique vous ayant mené à collaborer ?

Comment formaliser et représenter les intéractions ARN/ARN afin de mettre en évidence des profils d’intéractions pertinents ?

 

Quels sont vos domaines de recherche / d’expertise ?

Romain travaille sur la visualisation de l’information principalement par la représentation des données sous forme de graphes. C’est une discipline relativement jeune ayant émergée il y a une trentaine d’années même si les premiers travaux sont assez anciens. Sa recherche consiste à améliorer des représentations qui existent déjà ou à en créer de nouvelles. Romain est “agnostique aux données” et manipule des types d’objets très divers mais toujours abstraits ( réseaux sociaux, économiques, métaboliques, web analytics etc). 

Patricia est experte dans la modélisation de réseaux de régulation sous forme de graphes pour l’étude de la biologie des systèmes qu’elle a appliquée à l’étude des intéractions entre les petits ARN et les ARN messagers ou aux réseaux métaboliques ainsi que sur l’exploitation des données issues de séquençage haut-débit. Même si ses projets partent de cas d’études biologiques, ses recherches sont fondamentalement bioinformatiques et se portent sur la manière de visualiser les données pour mettre en évidence un signal biologiquement pertinent ou identifier des molécules d’intérêt.

 

Quel type de travaux effectuez-vous dans le cadre de votre collaboration ?

La construction d’un réseau d’interactions entre ARN implique, comme souvent en biologie, un nombre important d’éléments, de types d’interactions et de contextes d’activation. Patricia joue le rôle de l’experte en biologie et bioinformatique, en formalisant les concepts biologiques ( expression, activation, interaction). Romain, à partir de ces concepts, se charge de définir et développer une visualisation de l’ensemble du réseau.

 

Est-ce une collaboration ponctuelle ou de long terme ?

Patricia et Romain travaillent dans la même équipe BKB, et ont donc régulièrement des occasions de travailler ensemble. L’histoire de ce projet remonte à 2013, lorsqu’un doctorant de Patricia a cherché à utiliser un outil développé par Romain sur un jeu de quelques centaines d’interactions. L’augmentation de la complexité du réseau a révélé le besoin d’outils dédiés. Leur collaboration commence par un long processus d’apprentissage du langage d’expertise de chacun, puis la formalisation de l’ensemble des notions de biologie. Cette première étape a donné lieu à la publication d’un premier article et au développement d’une première version de rNAV. Patricia poursuit ensuite ses recherches sur la prédiction des interactions, et sur les critères permettant de sélectionner celles qui sont les plus importantes. Ensemble, ils développent une nouvelle version incluant ces nouveaux outils et sur de nouvelles visualisations permettant de mettre en évidence ces prédictions, donnant lieu à un second article.

 

Quelles expertises/compétences recherchez-vous auprès d’une collaboration avec un.e bioinformaticien.ne ?

Leur domaine d’expertise suivent des processus inverses: quand en informatique on part d’un modèle général qui sera affiné si des exceptions apparaissent, en biologie et bioinformatique, on part d’observations individuelles pour créer un modèle général.

Romain trouve dans les données biologiques une complexité particulière avec un nombre important de conventions admises mais non formalisées. Il attend donc de la collaboration avec un.e bioinformaticien.ne de lui fournir ces conventions et/ou de les formaliser.

 

Leur message

La bioinformatique a su combler le fossé de langage entre la biologie et l’informatique. Bien que les biologistes deviennent de plus en plus autonomes dans l’analyse de leur données (notamment omique), la bioinformatique reste essentielle pour l’analyse fine des données. A noter qu’il y a peu d’informaticiens qui s’orientent vers le monde de la biologie, les bioinformaticien.nes au profil plus marqué en informatique ont également de belles opportunités devant eux.


La SFBI soutient le printemps de l'interdisciplinarité

Du 7 au 9 juin dernier, la Cossaf (Collège des Sociétés Savantes de France) a organisé les printemps de l'interdisciplinarité. Cet évènement avait pour but de mettre en lumière et discuter de l'interdisciplinarité en place mais aussi entre disciplines éloignées. 

La SFBI est heureuse d'avoir soutenu l'organisation de cette belle initiative.

https://societes-savantes.fr/mesmerize-3/printemps-de-linterdisciplinarite/

 

 


Interview de Stéphanie Le Gras et Christophe Papin

 

Mutualisme entre une bioinformaticienne de plateforme et un (chercheur) biologiste

 

Cartes d’identité : 

  • Stéphanie Le Gras
 
  • Christophe Papin
  • statut :ingénieure d’étude en bioinformatique sur la plateforme GenomEast, (IGBMC - CNRS UMR 7104 - Inserm U1258) à Illkirch. 
  • formation : M2 en alternance de l’université de Rouen.
  • poste : sur une plateforme de service dédiée à l’analyse du génome, de la régulation et de l’expression des gènes. Stéphanie est spécialisée dans l’analyse de données de séquençage haut débit pour des projets d’épigénomique (e.g ChIP-seq, MeDIP-seq, ...) et a un intérêt particulier pour les régions répétées.
 
  • statut: chargé de recherche Inserm dans l’équipe chromatine et régulation épigénétique à l’IGBMC (CNRS UMR 7104 - Inserm U1258) à Illkirch. 
  • formation : Thèse en biochimie, puis post-doctorat dans le domaine de l'épigénétique.
  • thématique de recherche : études des mécanismes épigénétiques de la régulation de l'expression des gènes.

 

Entretien

Quelle est la question scientifique vous ayant mené à collaborer ?

Comment et où les variants d’histone (ex : H3.3, H2A.Z) remplacent les histones canoniques au sein des nucléosomes, quel impact sur la structure de la chromatine et in fine sur l’expression des gènes ?

 

Quels sont vos domaines de recherche / d’expertise ?

Stéphanie a développé une expertise dans l’analyse des données issues d’expériences de ChIP-seq permettant la localisation génomique des marques d’histone sur l’ADN. Néanmoins, les projets sur lesquels elle intervient demandent l’analyse de différents autres types de données (RNA-seq, DIP-seq, DNAse-seq etc.) devenant ainsi un « couteau suisse », ce qui est assez propre au travail dans les plateformes de service. Christophe s’intéresse depuis son post-doctorat aux rôles des histones variants et de la méthylation de l’ADN dans la régulation transcriptionnelle qu’il étudie en intégrant des données de ChIP-seq, de DIP-seq, de whole-genome-bisulfite-sequencing et de RNA-seq générant des centaines d’expériences de séquençage. Il est expert de la chromatine et associe des données structurales, génétiques et génomiques pour identifier les déterminants génétiques et épigénétiques qui contrôlent le méthylome au cours de la différenciation cellulaire, mais aussi dans certaines situations pathologiques. 

 

Quel type de travaux effectuez-vous dans le cadre de votre collaboration ?

Stéphanie analyse les données issues de séquençage, des données brutes (évaluation de la qualité, nettoyage, alignement sur génome de référence) jusqu’à la réalisation d’analyses avancées et ce, afin de répondre aux questions biologiques posées (e.g. quelles sont les répétitions du génome qui sont différentiellement exprimées entre différentes conditions expérimentales). Elle présente ensuite les résultats dans des formats appropriés et intelligibles par Christophe, par exemple sous forme de tables de comptages récapitulatives ou de graphiques. Leurs nombreuses discussions à chaque avancée ont notamment permis de faire évoluer la méthode d’analyse classique des expériences de séquençage durant laquelle les reads s’alignant à plusieurs endroits du génome, correspondant à des séquences répétées, sont généralement écartés alors qu’elles peuvent représenter jusqu’à 50% de leurs données. En fait, cette grande proportion de reads correspond à une réalité biologique. Par exemple, l’étude du méthylome des séquences d’ADN répétées a été longtemps ignorée au profit de régions supposées plus importantes fonctionnellement, alors que la moitié des évènements de méthylation de l’ADN ont lieu au sein des régions répétées. Ainsi Stéphanie à développer une expertise sur l’analyse de ce type de reads, et Christophe produit les données en conséquence de ses questions biologiques et apporte son expertise biologique dans l’interprétation des résultats intermédiaires et finaux.  

 

Est-ce une collaboration ponctuelle ou de long terme ?

Leur collaboration a commencé il y a une dizaine d’années. Depuis son arrivée à l’IGBMC, Christophe a soumis à la plateforme presque 2000 échantillons. Sur la plateforme GenomEast, les projets d’une équipe sont majoritairement pris en charge par un.e même ingénieur.e en bioinformatique permettant le suivi des problématiques scientifiques et la proposition de stratégies adaptées pour y répondre. Ainsi, à partir d’une relation de service, une collaboration scientifique s’est établie entre Stéphanie et Christophe depuis 2015 où chacun se nourrit des compétences de l’autre au travers d’une grande communication, élément clé de leur réussite. En effet, cette collaboration fructueuse a donné lieu à la publication de quatre articles. Ils co-signent notamment en 2021 un article présentant une nouvelle méthodologie d’analyse bioinformatique des données de séquençage haut-débit, qui permet de caractériser les profils épigénétiques des promoteurs de façon non-biaisée, en tenant compte de leur densité en dinucléotides CpG. Cette méthode a permis de mettre en évidence une influence majeure des îlots CpG dans l’organisation chromatinienne des promoteurs.

 

Quelles expertises/compétences recherchez-vous auprès d’une collaboration avec un.e bioinformaticien.ne ?

Au-delà de compétences techniques, Christophe attend une implication dans le projet au même niveau de chacun des collaborateurs quant à la définition de la démarche et de la stratégie avec leur point de vue et compétences complémentaires. Une attente particulière sur l’appropriation de la problématique scientifique afin d’apporter et proposer des solutions adaptées et sur une bonne communication qui, dans leur cas, a permis le développement de stratégies d’analyses bioinformatiques novatrices qui ont permis de mieux décrypter comment le génome et l’épigénome interagissent dans le contrôle des programmes d'expression génique. 

 

Leur message

Bien que la bioinformatique soit un outil dans le processus d’analyse de données de séquences, une collaboration fine et un apprentissage réciproque des problématiques est des plus profitables pour faire avancer les expertises des uns et des autres et aboutissent à des résultats scientifiques de plus en plus aboutis.


Décès - Bernard Jacq

 

“…Important progress in our present knowledge of interaction networks and of the interactome are essential to understand how gene functions and regulations are integrated at the level of an organism.”

 

Bernard Jacq (1950-2022)
Directeur de Recherches CNRS

 


A l’international, il fut celui qui en 1999, pensa et conceptualisa l’ensemble des interactions moléculaires et génétiques d’un organisme comme un réseau qui nous informerait sur le lien entre génotype et phénotype, donnant ainsi son nom à l’interactome et au champ thématique correspondant, l’interactomique.  

Au niveau européen, il organisa avec le Pr Roland Rosset, la 11ème Conférence Européenne de Recherche sur la Drosophile, qu’il avait envisagé sur un bateau entre Marseille et la Corse, et qui finalement eu lieu du 5 au 8 septembre 1989 à Marseille-Luminy. En ce temps-là, organiser un tel congrès était un véritable tour de force; pas de mail, pas d’internet, au mieux un téléphone et/ou un Fax, les invitations se faisant par courrier postal!

Nationalement, membre du Conseil d’Administration de Sauvons la Recherche !, il oeuvra notamment dans les années 2005-2010, pour la liberté d’une recherche en biologie fondamentale débarrassée de tout impératif économique et pour le maintien de la biologie au sein du CNRS.

Localement, il initia l’enseignement de la bioinformatique à l’Université de la Méditerranée, en créant en 2000, avec quelques collègues, le DEA de Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique. Cette formation qui se poursuit aujourd’hui, a produit des dizaines d’actuels Directeurs, Chargés, Ingénieurs de Recherches et Maître de Conférences, qui font la bioinformatique d’aujourd’hui et l’enseignent partout en France et ailleurs.

Il était pour nous d’un soutien efficace et généreux, un aiguillon permanent (!), un collègue pionnier, fantasque, précieux et humainement engagé.   


“… the total number of genes of an organism is less important than the complete repertoire of interactions potentially encoded by its genome (the interactome). Indeed, a small difference in the number of genes between two organisms could be sufficient to cause a large increase in the number of interactions (and hence a larger organizational complexity of the organism), provided that the ‘new’ genes code for proteins with a large potential. It is our belief that important progress in our present knowledge of interaction networks and of the interactome are essential to understand how gene functions and regulations are integrated at the level of an organism.”

Sanchez, Lachaize, Janody, Bellon, Röder, Euzenat, Rechenmann and Jacq (1999) Nucl. Acids Res. 27 :89-94.

 


Christine Brun, DR CNRS, TAGC Aix-Marseille Université – Inserm, Marseille
Laurence Röder, MCU AMU, TAGC Aix-Marseille Université – Inserm, Marseille
Laurent Fasano, DR CNRS, IBDM Aix-Marseille Université – CNRS, Marseille