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Stagiaire – Département Bio-informatique H/F 

PathoQuest est une société spécialisée de prestation de service (CRO), spin off de l’Institut Pasteur, qui propose des solutions innovantes pour le Contrôle Qualité des produits pharmaceutiques d’origine biologique. PathoQuest propose aux Biotech innovantes du monde entier un service expert complet de la réception des échantillons à la production des certificats d’analyse. Ces tests utilisent des protocoles propriétaires de traitement des échantillons, une plateforme de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) et des pipelines d’analyses bio-informatiques spécialisés. Actuellement en phase de scale-up, nous comptons une cinquantaine de collaborateurs en France et aux Etats-Unis (Pennsylvanie). 

Nous recherchons actuellement un stagiaire en informatique/bio-informatique h/f. 

Contexte : 

Accompagner le département de Bio-informatique et Informatique sur leur projet d’archivage des données bio-informatiques d’analyse pour leur transition vers un system d’analyse dans le cloud. 

 

Activités proposées : 

Développement d’un script d’automatisation de l’archivage des dossiers d’analyse 

• Comprendre les différents types d’analyses bio-informatiques et les spécificités d’archivage pour chacune 

• Comprendre les contraintes d’intégrité et de traçabilité des données d’un environnement BPF (Bonnes Pratiques de Fabrication) 

• Finaliser le développement d’un script permettant la création d’un répertoire d’archivage, la copie de fichiers et leur renommage suivant une nomenclature. Assurer la traçabilité des opérations réalisées. 

• Intégrer le script dans l’espace collaboratif de gestion des scripts gitlab 

• Réaliser le test de ce script et son déploiement  

• Mettre en place la documentation du script 

 

Réaliser l’archivage des analyses sur les serveurs de calcul 

• Lancer le script d’archivage sur tous les répertoires d’analyse 

• Contrôler le bon déroulement de l’archivage 

• Gérer l’archivage des cas particuliers 

• En lien avec les archivistes, s’assurer de la traçabilité des archives 

 

À l’issu de ce stage, vous aurez appris : 

• comment gérer les transferts de grandes quantités de données, 

• comment travailler sur des serveurs de calcul sous Linux et sur serveurs AWS 

• les contraintes de gestion des données dans un contexte BPF (Bonnes Pratiques de Fabrication / GMP, Good Manufacturing Practice), un plus dans l’industrie 

• comment la bio-informatique (un nouveau domaine à la frontière entre génétique et informatique) est utilisée dans l’industrie 

 

Formation en préparation et compétences recherchées : 

 

Niveau d’études : Bac+3 ou plus en préparation 

Formation en informatique ou Bio-informatique en préparation 

Durée du stage : 3-6 mois 

Savoir-faire : 

• Linux utilisateur  

• Scripts shell 

• Python 

• Niveau d’anglais intermédiaire  

• Notions de sed et awk (facultatif) 

• Travail sur AWS Cloud (facultatif) 

 

Savoir-être 

• Habileté de communication. Votre travail, à la frontière entre les équipes d’informatique et de bio-informatique nécessitera de bonnes qualités de communication pour intégrer l’information pertinente de ces deux départements 

• Concentration et application. Dans un environnement règlementé, vous devrez suivre les règles de nomenclature et d’organisation définies. 

• Autonomie 

 

Si vous avez envie de travailler au sein d’une société de biotechnologie dynamique, innovante et avec de belles ambitions ; envoyez-nous votre candidature à careers@pathoquest.com