Mots-Clés

NGS annotation bactérie phage

Description

Contexte 

L’ingénieur(e) bio-informatique recruté(e) évoluera au sein de l’équipe ”Pathogénie des infections à staphylocoques” du Centre International de Recherche en Infectiologie (INSERM U1111 - CNRS UMR5308 - ENS Lyon – Université de Lyon). En lien étroit avec l’Institut des Agents Infectieux des HCL et le CNR des staphylocoques, cette équipe conduit des travaux de recherche translationnelle qui portent sur les mécanismes physiopathologiques des infections à staphylocoques dorés et à staphylocoques blancs ainsi que le développement d’approches thérapeutiques innovantes (phagothérapie). 

http://ciri.inserm.fr/les-equipes/toutes-nos-equipes/pathogenese-des-infections-a-staphylocoques/themes-de-recherche/

L’ingénieur(e) recruté(e) sera amené(e) à apporter son expertise bio-informatique sur trois projets principaux :

i)        l’identification et caractérisation de phages et des souches bactériennes permettant leur production (projet PHAGEinLYON : https://www.crioac-lyon.fr/phageinlyon-fondation-hcl/)

ii)      l’étude au niveau moléculaire des mécanismes d’internalisation des staphylocoques

iii)     la caractérisation moléculaire des souches de Staphylococcus capitis responsables d’infections néonatales

Partenaires académiques :

• Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon (HCL)
• Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), INSERM U1111 - CNRS UMR5308 - ENS Lyon – Université de Lyon
• Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (UCBL1)

Sites d’affectation 

• CIRI site Laënnec - UFR médecine Lyon Est
• Institut des Agents Infectieux, Hôpital de la Croix-Rousse, 69004 Lyon

Mission

Votre mission principale sera de développer les outils de bio-informatique nécessaires à l’analyse des données de WGSeq de bactéries et de phages lysogéniques/lytiques, en particulier :

• Identification et caractérisation de phages lysogéniques/lytiques à partir de données de séquençage (ADN/ARN phagique, ADN bactérien)
• Utilisation d’outils de prédiction des prophages au sein des génomes bactériens (ex : Phaster, Prophet)
• Développement d’annotation de génomes de phages lysogéniques/lytiques et de bactéries (ex : Prokka, Patric, etc.)
• Maîtrise des bases de données de protéines et des outils de prédiction/annotation de protéines
• Développement d’outils de prédiction et annotation de protéines phagiques
• Analyse de génomique comparative pour les phages et les bactéries : SNP, comparaison phylogénétique, GWAS
• Une connaissance des analyses de type RNAseq et TNSeq serait un plus.

Vos missions connexes seront de :

• Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques ou de présentations orales
• Gérer le stockage et la sauvegarde des données
• Favoriser l’interface avec les partenaires biologistes du projet
• Organiser la veille scientifique et technologique

Profil

Titulaire d’un Doctorat ou d’un diplôme d’ingénieur avec une spécialisation en bio-informatiques, data science et/ou mathématiques appliquées, vous avez l’expérience de l’analyse de données de génomique bactérienne, virale et/ou humaine. Vous possédez les qualités suivantes :

• Très bonnes compétences et expériences dans le domaine de l'analyse des données de séquençage haut débit.
• Très bonne maîtrise des langages de programmation couramment utilisés (Python, Perl, R, C/C++)
• Maîtrise de la conteneurisation via docker et de la mise en place de pipeline sous nextflow
• Maîtrise de l'environnement Unix/Linux
• Sensibilité pour la microbiologie 

Autonome, rigoureux, vous savez travailler en équipe et faites preuve d’une curiosité technique et scientifique.

Vous avez le sens de la communication écrite et orale dans un environnement pluridisciplinaire (Scientifiques, biologistes, biostatisticiens, médecins/pharmaciens, etc).

Vous maîtrisez l’anglais et êtes en mesure de réaliser une étude bibliographique et de communiquer au sein d’une équipe internationale.

Poste à pourvoir immédiatement pour un contrat de 2 ans.