Mots-Clés

multi-omique protéome transcriptome méthylome NGS intégration des données développement

Description

L'équipe "Génomique des lymphomes" du laboratoire NGERE (Nutrition, Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux - Unité INSERM 1256) recrute un ingénieur bioinformaticien expérimenté dans le développement d'outils et l'analyse des données omiques (protéome, transcriptome, méthylome, exome). Celui-ci sera intégré à l'équipe Bioinformatique et Génomique Intégrative de l'unité (http://arrimage.univ-lorraine.fr/inserm-u1256-lab/), qui met au point des protocoles expérimentaux de type multi-omiques pour expliquer les mécanismes oncogéniques associés aux dérégulations et aux interactions entre génome, épigénome et métabolisme. Une partie de l'équipe s'intéresse aux hémopathies malignes (lymphomes et myélodysplasies) et plus particulièrement au Syndrome de Richter. En plus des bioinformaticiens, l'ingénieur y sera amené à travailler étroitement avec hématologues, immunologistes et étudiants (biologistes, médecins). Il participera à des projects innovants à la pointe de la technologie et évoluera dans un environnement dynamique et gratifiant.

• Formation minimale : universitaire (M2) ou école d'ingénieur
• Profil type : bioinformaticien/développeur expérimenté
• Localisation : campus Santé de Nancy-Brabois
• Durée : 1 an, renouvelable au moins une fois
• A pouvoir : dès que possible
• Rémunération : 2500+ euros brut, négociable en fonction du niveau et de l'expérience

Compétences requises :

• Expérience préalable avec les outils bioinformatiques d’analyse NGS (transcriptome-seq, RRBS...) et puces (méthylome EPIC/450k, GWAS, ...)
• Bonne connaissances en représentation des données/résultats à l'échelle du génome
• Connaissances en biologie des systèmes
• Maîtrise de l'environnement Linux/Unix, des interpréteurs de commande (+ langages de scripts bash/sh/...) et des expressions régulières
• Bonnes connaissances en programmation et utilisation courante d’au moins un langage (R, Java, Python, Ruby, C/C++...)
• Connaissances en ingénierie système et infrastructures informatiques de type cluster
• Rigueur et intégrité scientifique, communication claire des résultats, autonomie, initiative, curiosité

Compétences souhaitées :

• Connaissances en biologie, en métabolisme, en génétique, et en oncologie
• Connaissances en immunologie et en hématologie
• Connaissances en biostatistiques et en analyses non supervisées
• Expérience en intégration des données multi-omiques
• Connaissance des bibliothèques de jeux de données publics (expression, méthylation)
• Une expérience avec le traitement bioinformatique des données de cytométrie de flux et de cytométrie de masse serait un plus
• Bon formateur apprécié
• Bon niveau d’anglais lu, écrit, parlé

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The "lymphoma genomics" team of the NGERE lab (Nutrition, Genetics and Exposure to Environmental Risks - INSERM Unit 1256) is recruiting a bioinformatic engineer with experience in tool development for the analysis of omics data (proteome, transcriptome, methylome, exome). The successfull candidate will share the unit's bioinformatics resources and join the integrative genomics team (http://arrimage.univ-lorraine.fr/inserm-u1256-lab/), which is aiming to explain the oncogenic mechanisms associated with deregulation and interactions between genome, epigenome and metabolism with integrated multi-omics approaches. Part of the team is interested in malignant hemopathies (lymphomas and myelodysplasias) and more particularly in Richter Syndrome. Apart from other bioinformaticians, the engineer will interact closely with hematologists, immunologists and students (biology, medicine). He will work on exciting and intellectually challenging projects, and evolve in a fair, dynamic and rewarding environment.

• Min. educational background: Master (M2 level) / Engineering school
• Profile: Bioinfo developer with a few years experience
• Lab: NGERE - Faculty of Medicine - Nancy
• Duration: 1 year, extendable at least once
• Starting: ASAP
• Income: 2500-3200 euros (before tax 20%), depending on skills and experience
  

Required skills:

• Experience in NGS data analysis (transcriptome-seq, RRBS...) and microarrays (methylome EPIC/450k, GWAS, ...)
• Good knowledge in genome-scale data representation in systems biology
• Command of the Linux/Unix environments, shells (+ scripting bash/sh/...) and regular expressions (REGEXP)
• Goood skills in programming languages, with common practice in a least one of the following: R, Java, Python, Ruby, C/C++
• Knowledge in IT engineering and practice in cluster environment
• Scientific rigour, integrity, clear communication
• Curiosity, autonomy, initiative

Appreciated skills:

• Knowledge in biology, metabolism, genetics, oncology
• Knowledge in immunology and hematology
• Knowledge in biostatistics and unsupervised analyses
• A first experience with integrating multi-omics data
• Knowledge in public dataset repositories (expression, methylation)
• Some experience with the processing and automating of CMF and mass CMF data would be a plus
• Teaching skills
• Good command of English

Please send a cover letter and your resume with the names of two referees to: Sébastien Hergalant - sebastien.hergalant@univ-lorraine.fr