Mots-Clés

Bioinformatique Protéomique Développement web Base de données Bioanalyse

Description

Poste d’ingénieur bioinformaticien(ne) à l'Institut Curie, Paris : Participation au développement d’une solution logicielle permettant la gestion et l’analyse de données protéomiques issues de la Spectrométrie de Masse.

Contrat : COD (3 ans).

Disponibilité : immédiate.

Rémunération : Selon profil et expérience.

Contexte
Au sein de l’Institut Curie, l'un des plus importants centres européens de recherche contre le cancer, le laboratoire de spectrométrie de masse protéomique (LSMP) est une référence pour l’analyse protéomique d’échantillons tumoraux. Notre laboratoire mène en parallèle des activités de développements méthodologiques et bio-informatiques en collaboration avec l'unité U900 « Cancer et génome : bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie » (unité mixte INSERM, Mines ParisTech, Institut Curie) par le biais de sa plateforme de bioinformatique. En particulier, nous développons depuis 2002 une application web, myProMS, assurant l’accessibilité, la traçabilité et la pérennité des traitements et analyses bioinformatiques réalisés dans le cadre des projets collaboratifs du LSMP.

Dans ce contexte, nous proposons un poste de bioinformaticien(ne) à forte composante en développement logiciel.

Missions
Le(la) candidat(e) sélectionné(e) sera intégré(e) à l’équipe de bioinformaticiens co-encadrés par les 2 plateformes. Il(elle) aura à charge de :

• Participer au développement continue de myProMS : intégration de nouveaux outils d’analyses, conception et l’implémentation d’interfaces web.
• Accompagner et former les collaborateurs de la plateforme à l’utilisation de myProMS pour l’analyse de leurs données : suivi de projets, bioanalyse, contribution aux publications scientifiques.
• Participer au support informatique de la plateforme : Gestion du stockage des données brutes produites par le LSMP (NAS, PRIDE) et des autres solutions logicielles utilisées.
• Effectuer une veille scientifique, technologique et logicielle sur les méthodes et outils bioinformatiques pouvant être utilisés par la plateforme ou intégrés à myProMS.

Profil
Le(la) candidat(e) devra être titulaire d'un master ou d’un diplôme d'ingénieur en bioinformatique, ou avoir plusieurs années d'expérience pratique dans cette discipline. Il(elle) devra également présenter les compétences suivantes :

• Maitrise des langages web (HTML5/CSS3, JavaScript) et d’au moins un langage procédural (Python, Perl, C,…).
• Bonnes connaissances des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL ou MariaDB).
• Connaissance des outils de gestion de versions : Git (gitlab/github) ou SVN.
• Expérience pratique dans l’utilisation des systèmes Unix/Linux et du Shell.
• Notions de base en statistiques et bio-analyse.
• Notions de biologie, (bio)chimie des protéines ou spectrométrie de masse (facultatif).
• Capacité à travailler en équipe dans un contexte pluridisciplinaire.
• Communiquer en anglais technique du domaine à l’écrit et à l’oral.
• Savoir faire preuve de pédagogie.

Candidature
Veuillez envoyer votre lettre de motivation, CV et références aux adresses suivantes : patrick.poullet@curie.fr, valentin.sabatet@curie.fr