Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Métagénomique microbiote intestinal bioinformatique statistiques

Description

Contexte

L’Unité INRAE MetaGenoPolis (www.mgps.eu) est un leader international en métagénomique et impulse des avancées scientifiques majeures dans le domaine du bien-être et de la santé humaine en étudiant rôle du microbiote intestinal dans des pathologies aussi diverses que l’obésité, le diabète, le cancer ou les maladies cardio-vasculaires. Des questions liées à la nutrition et à la santé animale sont également abordées chez plusieurs espèces (souris, rat, poulet, porc). Au sein de MetaGenoPolis, l’équipe InfoBioStat IBS, composée d’une quinzaine de personnes, développe une expertise pointue dans la découverte et la caractérisation fonctionnelle de biomarqueurs microbiens associés à des pathologies. Dans ce contexte, IBS développe des solutions méthodologiques optimisées pour ces types de recherche. Nous recherchons activement des biostatisticien·ne·s / bioanalystes pour rejoindre IBS et mener des projets d’analyse de données métagénomiques en étroite collaboration avec des partenaires issus des communautés académiques, médicales et industrielles. En plein essor, nous avons besoin de collaborateurs autonomes, motivés et ayant envie de s'investir dans une équipe jeune et dynamique au service de problématiques scientifiques à fort rayonnement. Deux postes sont actuellement ouverts.

Description du poste

Missions

• Mener les projets d’analyse de données métagénomiques
  • Formaliser, avec les partenaires du projet (académiques, cliniques, industriels), les questions scientifiques et la manière d’y répondre
  • Développer et adapter des méthodes statistiques d’analyse métagénomiques
  • Assurer l’organisation des données et le suivi de leur exploitation jusqu’à leur visualisation
• Assurer une veille scientifique et technologique sur l’évolution des concepts et des méthodes en métagénomique
• Valoriser les résultats obtenus, les méthodes et outils développés sous forme de publications, posters, communications dans des congrès ou brevets
• Travailler en conformité avec le système de management de la qualité en place (ISO9001) : rédaction des rapports et de la documentation

Profil souhaité

• Expérience en analyses de données Omiques
• Compétences en statistiques et machine-learning
  • Modèle de régression multivariée, régression logistique, pénalisation Ridge et Lasso
  • Méthode de clustering (clustering hiérarchique, k-means)
  • Méthode de réduction de dimensionnalité (Analyse en composante principale)
  • Schéma de validation (cross validation)
• Maîtrise du langage R (connaissance des packages suivants appréciée : data.table, ggplot2, caret)
• Connaissances générales en biologie, écologie microbienne et des problématiques liées aux données métagénomiques
• Bon niveau d'anglais scientifique (lu, parlé, écrit)

Formation

De bac + 5 à Bac + 8 (Master/Ingénieur/Doctorat) en biostatistiques, bioinformatique ou en Biologie orienté omiques