Mots-Clés

Génomique comparative, histoire évolutive, parasitisme, adaptation, apicomplexa, alveolata

Description

Les Apicomplexa représentent ~6.000 espèces d'eucaryotes unicellulaires ayant toutes adopté un mode de vie parasitaire strict. Ils comprennent des parasites intracellulaires de vertébrés responsables de pathologies graves (paludisme, toxoplamose, cryptosporidioses), très bien documentés sur le plan génomique, et des parasites extracellulaires d’invertébrés (polychètes, crustacés, insectes) méconnus sur le plan moléculaire, mais d’importance majeure pour la compréhension de l’histoire évolutive des Apicomplexa : les grégarines.

Afin de prendre en compte les grégarines dans l'histoire adaptative et évolutive des Apicomplexa, le/la doctorant.e produira les données -omiques originales pour deux grégarines marines importantes de part leur position taxonomique et leur localisation dans l'hôte i.e. les interactions qu'ils établissent avec cet hôte: Selenidium pendula (une archigrégarine intestinale) et Diplauxis hatti (une eugrégarine coelomique). Puis il/elle procèdera à leur analyse comparative avec aussi les proto-Apicomplexa Vitrella et Chromera et des Apicomplexa tels Plasmodium, Toxoplasma, Cryptosporidium qui font référence en tant que parasites intracellulaires ou épicéllulaires de vertébrés. Les données nouvelles sur les eugrégarines terrestre Gregarina niphandrodes (génome non publié mais disponible dans la base VeupathDB) et Gregarina acridiorum*, ainsi que l'eugrégarine marine Porospora gigantea* seront aussi prises en compte (génomes en cours de publication par J. Boisard, I. Florent, L. Ponger et E. Duvernois-Berthet pour les espèces notées*).

Parmi les questions posées il s'agira de déterminer le degré de compaction (attendu) de ces génomes, mais également, à partir des protéome déduits, d'identifier les gains et pertes de gènes au sein du Phylum Apicomplexa et comment on peut les mettre en lien avec l'histoire adaptative particulière de ces grégarines marines. il est attendu de pouvoir mettre en exergue de nouveaux gènes/fonctions non encore identifiés chez les Apicomplexa et pouvant expliquer des adaptations ou des interactions hôtes-parasites différentes de celles connues et définies pour les Apicomplexa de référence (intracellulaires, infectant des vertébrés).