Mots-Clés

sc RNA seq immune response lung infection

Description

Description

Notre équipe de recherche appartient à l’unité INSERM U1100 (Centre d’étude des pathologies respiratoires), localisée à Tours sur le campus universitaire de l’Hôpital Bretonneau. Nous nous intéressons à mieux comprendre les détails de la réponse immunitaire mise en place localement au cours d’infections respiratoires qu’elles soient d’origine virale (influenza, coronavirus), bactérienne (Streptococcus pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa) ou fongique (Aspergillus, Pneumocystis). Nos travaux se focalisent sur l’étude des cellules immunitaires au niveau de la muqueuse respiratoire. Nous développons des projets couvrant des questions fondamentales (développement immunitaire, physiopathologie), et translationnelles (ciblage thérapeutiques et études cliniques).

Principales missions

Analyser des jeux de données (single-cell RNA Seq, multiplex protéiques, données cliniques, ….) étudiant les fonctions et le rôle des cellules immunitaires dans les infections respiratoires (approches expérimentales et cliniques).

Votre travail consistera à :

     • Assurer l’analyse bio-informatique de données "big data"

     • Procéder à une analyse intégrative des résultats

     • Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse et des résultats

     • Interagir étroitement avec les scientifiques impliqués sur le projet

Profil

• Expérience professionnelle souhaitée d’au moins un an dans l'analyse de données de séquençage

Compétences requises

• Maîtrise de la programmation avec Python et R

• Bonnes connaissances des outils standards de bio-informatique pour l’analyse et l’interprétation des données de Single-Cell RNA Seq (Chromium, 10X Genomics)

• Capacité à travailler en autonomie

• Capacité d’interaction avec les membres de l’équipe impliqués dans les projets

• Savoir présenter les résultats obtenus