Mots-Clés
Analyse de données RNAseq unicellulaires
biologie et statistiques
Linu
R et python
Description
Au sein du Département Bioinformatics de l'Institut de Recherches Servier (Croissy-sur-Seine), vous serez en charge de l'évaluation comparative des outils d'identification/annotation des types de cellules pour l'analyse des données RNAseq unicellulaires, intégration des outils à haute performance / sensibilité pour adapter l'analyse des ensembles de données unicellulaires.
VOS MISSIONS :
1. Sélection de jeux de données RNAseq unicellulaires publics sur la base des publications (pour l'homme et la souris)
- Jeu de données sur le type de cancer
- Jeu de données de type immunitaire uniquemen
- Jeu de données sur la santé
2. Création de données simulées avec différents niveaux d'expression à partir de l'ensemble de données publiques RNAseq unicellulaires sélectionné.
3. Benchmarking des outils avec un jeu de données RNAseq public unicellulaire / un jeu de données simulées de types cellulaires connus.
4. Critères d'évaluation comparative :
- applicable à différents types d'ensemble de données monocellulaires (10X, smartSeq,...)
- sensibilité élevée, peut annoter un sous-groupe de type cellulaire plus profond
- haute performance, avec une grande précision d'identification du type de cellule
- convivialité et facilité de mise en oeuvre (R, python de préférence).
5. Mise en oeuvre des outils sélectionnés
6. Application des outils pour les projets internes
Vous êtes étudiant(e) en Master 2 bioinformatique ou biostatistique
Vous avez une bonne connaissance de l'analyse de données RNAseq unicellulaires et de la méthode d'apprentissage automatique ; Connaissance de la biologie et des statistiques.
Vous êtes autonome, sérieux(se), motivé(e) et un bon esprit d'équipe
Vous êtes familiarisé(e) avec l'environnement Linux, R et python.z
Si vous reconnaissez votre profil, alors n'hésitez plus et postulez à notre offre pour votre apprentissage.