Mots-Clés

single cell RNA-Seq pipeline web application développement

Description

Maitre de stage: Raphaël Schneider, bioinformaticien

L'entreprise:

Cellenion est une société de biotechnologie en pleine croissance, spécialisée dans le tri et l’isolation automatisée de cellules uniques, et développant des technologies révolutionnaires dans le domaine des Omics. En 2020, Cellenion a rejoint CELLINK, leader mondial de la bioimpression et de la bio-convergence et animé par trois mantras : passion, inspiration et persévérance.

Description:

Un pipeline d'analyse de données 3' RNA-Seq a été développé en interne. Il permet le traitement et l'analyse de données single cell générées par le cellenONE ainsi que par d'autres technologies concurrentes.

Votre rôle sera de rendre ce pipeline accessible à des biologistes n'ayant aucune compétence en bioinformatique. Pour cela, vous devrez développer une web application dans la technologie de votre choix. Elle devra etre intuitive et dotée d'une interface conviviale pour guider le biologiste dans l'exécution du pipeline. Enfin cette web application devra etre flexible pour pouvoir s'adapter aux futures améliorations du pipeline.Vous serez également amenés à échanger avec différents biologistes au sein de Cellenion pour recueillir leurs attentes et besoins.

Compétences en Python, R, Dash ou shiny, flask, django

Connaissances en NGS, RNA-Seq, single cell