Mots-Clés

plateforme séquencage analyse qualité développement logiciel qualité

Description

L'unité GeT-PlaGe propose depuis 19 ans ses services dans le domaine de la Génomique à l'ensemble de la communauté scientifique nationale dans les domaines de l’agronomie, l’ environnement et l’écologie. Elle est labellisée Infrastructure collective INRAe et fait partie de la future Infrastructure de Recherche de Génomique. Elle est membre de France Génomique (PIA). Nous avons fait le choix depuis quelques années de nous positionner sur des technologies beaucoup plus innovantes et front de sciences. Les technologies et méthodologies développées sont parmi les premières disponibles en France dans notre domaine. La personne recrutée rejoindra une équipe dédiée de 30 personnes. Sous la responsabilité de la Directrice de la plateforme et de l’Ingénieur d’études responsable de l’équipe bioinformatique, elle sera en interaction forte avec les personnels des équipes impliquées dans les programmes utilisant les séquenceurs nouvelle génération.

La mission principale sera de s’assurer la qualité des données issues des technologies présentes sur la plateforme plus spécifiquement PacBio.

Les missions et activités qui vous incomberont seront de:

• Gérer les données brutes issues du séquençage nouvelle génération (NGS) des machines de PacBio Sequel 2 ainsi que les Illumina NovaSeq et MiSeq
• Résoudre les problèmes liés aux analyses qualité remontés par l'équipe de biologistes
• Rédiger les documentations d’utilisation des outils mis en place et former les utilisateurs 
• Participer à l’intégration et la validation de nouvelles machines haut-débit
• Développer de nouveaux composants/pipelines d’analyse sous Nextflow
  
• Suivre les analyses qualité des données NGS
• Participer à l’intégration et la validation de nouveaux protocoles
• Former/assister l'équipe de biologistes NGS dans l'utilisation des outils pour l'analyse qualité
• Participer à la démarche qualité ISO9001-2015 et NFX50-900
• Participer à la vie de l’unité

Vos compétences opérationnelles :

• Langages : Python, Perl, shell
• Workflow : Nextflow, singularity
• Base de données : MySQL, PostgreSQL
• Cluster de calcul : Slurm
• Environnements de travail : Eclipse, GIT
• Des notions en biostatistiques seraient un plus
• Savoir rendre compte de son activité, rédiger des rapports d'expériences, des notes techniques.
• Transmettre des savoir-faire techniques en s'adaptant au public concerné.
• Bonne maitrise de l’anglais

Vos compétences comportementales:

• Autonomie
• Une capacité de raisonnement analytique, sens critique
• Le sens de l’innovation
• Une capacité de conviction
• Bon sens de l’organisation, rigueur et méthode
• Sens relationnel, Aptitude au travail en équipe et à la communication
• Appétence pour la technologie et le fonctionnement plateforme