Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

phylogénomique python Django

Description

La plateforme de bioinformatique ATGC [1] hebergee par le LIRMM [2] recrute un ingenieur en CDD pour 12 mois. Le projet consiste a developper une application web dediee aux analyses phylogenomiques.

L'ingenieur travaillera dans un environnement stimulant au sein de l'equipe MAB [3]. L'equipe est reconnue internationalement pour ses recherches en phylogenie. Ces travaux ont conduit a la mise en place de services mondialement utilises en bioinformatique evolutive (par exemple phylogeny.fr: Dereeper et al. 2008 et NGphylogeny.fr: Lemoine et al. 2019). Le logiciel PhyML (Guindon et al. 2010, [4]) est une reference du domaine avec plus de 20000 citations et des milliers d'utilisateurs a travers le monde.

En interaction avec les chercheurs et les ingenieurs de la plateforme, l'ingenieur devra:

• Concevoir et developper une interface web conviviale (dans le meme esprit que NGphylogeny.fr) permettant aux utilisateurs de concevoir et realiser leurs analyses de phylogenomique.
• Integrer un ensemble de methodes d'inference d'arbres d'especes et d'arbres de genes (problematique des superarbres) comme PhySIC_IST (Scornavacca et al. 2008) ou ASTRAL (Mirarab et al. 2015).
• Integer des methodes pour la reconciliation d'arbres de genes et d'arbres d'especes comme ecceTERA (Jacox et al. 2016).
• Automatiser la gestion des calculs requis par les analyses sur des environnements de type cluster de calcul.
• Developper des solutions de representation graphique de combinaisons complexes d'evenements (speciation, duplication de gene, perte de gene, transfert horizontal, ...) pour visualiser les resultats.

Competences souhaitees:

• Programmation : python - Web : Django, CSS 3, Ajax, API REST, JSON, bootstrap, Angular
• Environnement : Linux, cloud, Singularity
• Calcul : cluster (SGE, SLURM)
• Des competences ou un interet pour la phylogenie et l'evolution seraient appreciees
• Gout pour le travail en equipe et l'interaction avec des partenaires biologistes

[1] http://www.atgc-montpellier.fr/

[2] http://www.lirmm.fr/

[3] http://www.lirmm.fr/recherche/equipes/mab

[4] http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/