Mots-Clés

métagenomique virus bactérie plante NGS programmation transversalité

Description

Vous travaillerez prioritairement au sein de deux équipes VICITA et BRIO de l'UMR PHIM. L’UMR PHIM, localisée à Montpellier, s’intéresse aux interactions entre la plante et son environnement, et plus précisément celles qui ont un impact sur l'état sanitaire des plantes, leur croissance et leur productivité. L’équipe VICITA étudie les interactions virus/céréales et l’équipe BRIO les interactions bactéries/céréales dans les agroécosystèmes tropicaux.

Vos activités principales : 

-Conseiller pour le choix de méthodologies d’analyses bio-informatiques lors de l'élaboration d'un projet scientifique, et dans leur mise en œuvre (y compris Plan gestion et entrepôt de données).

-Assurer le traitement et l’exploitation de données “omics” (génomique, métagénomique, transcriptomique), du traitement des données brutes à la post-analyse dans le cadre de projets de recherche.

-Développer des outils de traitements automatisés de données biologiques et les appliquer dans le cadre de programmes de recherche.

-Connaissances approfondies dans le domaine de la bio-analyse et la bio-informatique.

-Expérience dans l'analyse de données NGS de deuxième et troisième génération (détection de variants intra-hôte, expression différentielle, métagénomique, génomique comparative, assemblage et reconstruction de génomes) sur des microorganismes (virus, bactéries).

-Maîtrise d'un ou plusieurs langages de programmation (Python/Perl, R), des outils nécessaires à la reproductibilité (Rshiny, Jupyter lab, git, Singularity) et à la création de pipelines (Snakemake/NextFlow).

-Maîtrise des systèmes d'exploitation Linux et infrastructure de calcul (SLURM).

-Avoir des connaissances en biologie moléculaire, microbiologie, génomique.

-Savoir formuler une problématique scientifique en termes techniques.