Mots-Clés

antibiorésistance NGS phylogénie métagénomique

Description

Contexte - L’unité AVB est principalement centrée sur l’épidémiologie moléculaire conventionnelle et génomique de l’antibiorésistance (ABR) dans le secteur non humain (principalement animal), et dans une perspective One Health.

Missions - Participer au développement et à la mise en place des outils pour l’analyse des données bactériennes de séquençage total (assemblage, phylogénie, séquençage 16S, métagénomique, RNA-seq). Un appui technique aux autres unités du laboratoire de Lyon, dans le domaine de compétences de la bioanalyse sera aussi sollicité.

Compétences -

Maîtrise de l’environnement Linux

Maîtrise des outils liés au traitement des données NGS (assemblage, mapping, variant calling…)

Maîtrise des outils d’analyses phylogénomiques

Maitrise des pipelines principaux pour l’analyse des données issues de bactéries

Maîtrise de R

Capacité d’analyse et de synthèse, rigueur