Mots-Clés

omics NGS microeucaryotes

Description

Les activités de recherche de l’équipe « Génomique de l’environnement et bioinformatique » s’inscrivent dans le champ de l’écologie des communautés microbiennes : dynamique et structuration des assemblages, interactions fonctionnelles, changements à l’échelle spatiale et historique, propriétés émergentes au sein des écosystèmes.

Ces dernières années, les approches d’écologie moléculaire ont permis de faire émerger de nouvelles connaissances sur les eucaryotes unicellulaires aquatiques et ont mis en lumière une diversité insoupçonnée. Cependant, ces études essentiellement descriptives ne permettent pas de comprendre le rôle de ces microorganismes dans les écosystèmes qui est alors inféré́ de manière indirecte à partir de leur position phylogénétique, ne donnant ainsi qu’une vision peu précise de leur fonction (phototrophe, hétérotrophe ou parasite). Le projet MICROSTORE (AO grand projet de séquençage, France génomique) vise à approfondir notre connaissance sur le rôle fonctionnel des eucaryotes unicellulaires lacustres en couplant des approches -omics (métatranscriptomique, la métagénomique et la génomique à partir de cellule unique - single cell).Nous sommes donc à la recherche d’un informaticien / bio-informaticien capable traiter ces données.

La mission principale de la personne recrutée sera d’assurer le traitement primaire des données issues du séquençage (qualité, assemblage, annotation).

Compétences requises:

- Connaissances dans le domaine de l’informatique / bio-informatique.

- Expérience dans l'analyse de données NGS de deuxième génération (assemblage et reconstruction de génomes, métagénomique) sur des microorganismes. Avoir travaillé sur des eucaryotes serait un plus.

 - Maîtrise des langages des Python et R.

- Maîtrise des systèmes d'exploitation Linux et infrastructure de calcul (SLURM). La connaissance des outils de gestion de workflow (snakemake, singularity) est un plus.

Aptitudes recherchées :

Rigueur, sens de l’organisation, bonne aptitude à communiquer

Savoir formuler une problématique scientifique en termes techniques.