Ingénieur Bioinformaticien orienté microbiologie

 CDD · Ingénieur autre  · 12 mois (renouvelable)    Bac+5 / Master   CHU de Lille · Lille (France)  En fonction du profil

 Date de prise de poste : 1 septembre 2021

Mots-Clés

NGS microbio nextflow

Description

Etablissement : CHU de Lille
Pôle : Pôle Biologie-Pathologie-Génétique
Grade : Ingénieur Hospitalier
Poste : CDD avec évolution programmée en CDI


MISSION(S) PRINCIPALE(S)
Le plateau commun de biologie moléculaire du CHU de Lille dispose d’une équipe de bioinformatique mutualisée entre les différentes thématiques du Pôle de Biologie Pathologie Génétique du CHU de Lille : Institut de Microbiologie, Institut d'Hématologie, Institut de Génétique, etc. Afin de la renforcer, le CHU de Lille recrute un bioinformaticien avec une composante microbiologie pour assister l’Institut de Microbiologie dans ses développements méthodologiques de séquençage haut-débit. L’Institut de Microbiologie fédère 3 disciplines, la bactériologie-hygiène, la parasitologie-mycologie et la virologie.
La mission principale consistera à développer, organiser et animer les activités de bioinformatique pour la microbiologie : (1) Mettre en place les outils bioinformatiques adaptés pour les analyses en microbiologie. (2) Accompagner des projets répondant aux besoins de la microbiologie (aide méthodologique et conceptuelle) (3) Assurer une prestation de conseil pour répondre aux appels à projets nationaux dans le domaine de la microbiologie (4) Participer à la rédaction des rapports et à la valorisation des résultats Sa fonction est assurée au sein de l’équipe bioinformatique du pôle et en concertation avec les biologistes et le responsable de l’Institut de microbiologie.
L’ingénieur assurera également des missions communes au pôle en appui de l’équipe de bioinformatique.

ACTIVITES ET RESPONSABILITES
• Développer des activités de bioinformatique orientées vers les applications de la microbiologie (séquençage de génomes microbiens, analyse métagénomique, typage moléculaire de souches par MLST, Détection de mutations responsables de résistance aux anti infectieux).
• Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans le domaine de la bioinformatique appliquée à la microbiologie (identifier les bases de données de référence, suivi de la nomenclature et de la phylogénie des microorganismes, mettre à jour les bases de données, identifier les algorithmes d’analyse).
• Orienter et conseiller les utilisateurs pour la mise en œuvre des méthodes d’études et d’interprétation des résultats.
• Former en interne aux principes et à la mise œuvre des techniques de l’analyse des données en microbiologie.
• Collaborer au sein de l’équipe bioinformatique avec le Département des Ressources Numériques (DRN) pour adapter l’environnement numérique à l’hébergement et l’analyse des données de microbiologie.
• Collaborer avec les ingénieurs référents dans d’autres domaines de la Biologie, participation aux réunions et séminaires dédiés.
• Analyser les données brutes. Évaluation et implémentation de logiciels dédiés à l’analyse de données issues de séquenceur et permettant leur interprétation.
• Recenser les besoins, rédiger les cahiers des charges techniques, analyser les offres et essais logiciels d’analyse en lien avec les biologistes.

CONNAISSANCES REQUISES
• Bioinformatique (connaissances approfondies)
    ◦ Gestionnaire de workflow (Nextflow ou autre)
    ◦ Conteneurisation des applications (Singularity, Docker)
    ◦ Environnement Linux
    ◦ Bonne maîtrise des langages de programmation couramment utilisés
• Recueil, analyse et traitement des données biologiques et microbiologiques
• La connaissance des génomes microbiens
• La connaissance des mécanismes de remaniement génétique chez les bactéries, virus, champignons et parasites.
• Informatique
    ◦ Versionning de code et intégration continue
    ◦ Calculs distribués sur cluster
• Maîtrise de la langue anglaise (niveau B2 et C1)

APTITUDES PROFESSIONNELLES
• Rigueur scientifique et sens de l’organisation
• Esprit d’équipe
• Travail en interaction avec différents corps de métier
• Réactivité et capacité d’adaptation aux situations de crises (épidémies, pandémies)
• Rédaction de comptes rendus et de rapports scientifiques
• Capacité de priorisation des projets au fil de l’eau
• Qualités pédagogiques
• Savoir argumenter ses choix et en référer
• Autonomie

EXPÉRIENCE SOUHAITÉE
• Expérience confirmée dans le domaine de la bioinformatique est un prérequis. Applications de la bioinformatique au domaine de la microbiologie
• Expérience dans le domaine de la biologie moléculaire appliquée aux thématiques de microbiologie (séquençage haut débit, génotypage microbien, détection des mutations associées à la résistance aux anti infectieux)

NIVEAU DE DIPLÔME ET FORMATION(S)
Thèse d’Université, diplôme d’Ingénieur, Master avec spécialisation en bioinformatique et expérience de l’analyse de données de génomique bactérienne et/ou virale.

Candidature

Procédure : Merci d'envoyer votre candidature à l'équipe bioinfo du CHU de Lille (bioinfo@chru-lille.fr) et au directeur de l'institut de Microbiologie (boualem.sendid@univ-lille.fr) : CV, lettre de motivation et au moins deux références.

Date limite : 9 juillet 2021

Contacts

Martin Figeac

 biNOSPAMoinfo@chru-lille.fr

Offre publiée le 10 juin 2021, affichage jusqu'au 9 juillet 2021