Mots-Clés

bioinformatics engineer microbiome quantitative metagenomics omics pipelines functional metagenomics computational biology

Description

La structure que vous allez rejoindre

L'Unité Mixte Internationale de Modélisation Mathématique et Informatique des Systèmes Complexes (UMMISCO UMI 209) rassemble des chercheurs, enseignants-chercheurs et personnels administratifs dynamiques et passionnés. Ils travaillent majoritairement au Sud, dans nos centres au Sénégal, Maroc, Cameroun et Vietnam.      Ils développent et utilisent des approches de pointe en mathématiques (Systèmes Dynamiques, EDO, EDP, etc.) et en informatique (IA, Modélisation à base d’agents, Machine Learning, etc.) répondant à des questions liées à la science de la durabilité. UMMISCO est spécialisée dans la modélisation dont les applications stimulantes s’inscrivent dans les domaines de la santé (sur les maladies infectieuses comme ou les maladies chroniques comme les maladies cardiométaboliques) ou ceux de l’environnement durable (pêche durable, pollution, biodiversité, sol,  etc.).

Une mission attractive

Vous participerez à plusieurs projets scientifiques menés dans l’unité. Vous apportez un soutien aux chercheurs de l’unité dans l’analyse bioinformatique et statistique des données générées par le séquençage haut-débit (e.g. nanopore ou Illumina), en particulier dans le domaine de la métagénomique mais plus largement des données Omiques. Vous vous impliquez dans la formation en bio-informatique, bio-statistique et analyse de données sur ces approches auprès de nos étudiants et collaborateurs au Sud dans nos centres.    

Cette mission correspond donc aux activités principales suivantes :

• Mettre en oeuvre les actions de communication et de culture scientifique de la délégation et des unités de recherche en interne et externe
• Concevoir, développer et mettre en œuvre des pipelines bio-informatiques pour des données de séquençage à haut débit (NGS) ainsi que pour leur intégration.
• Analyser et simuler des données Omiques pour développer une recherche méthodologique. Valider et interpréter biologiquement les résultats et observations issues de ces analyses.
• Construire des catalogues de référence génomiques et fonctionnels.
• Valoriser les aspects liés aux pipelines de traitement développés (package R ou Python), brevets, publications, etc.
• Concevoir et animer des actions de formation en bio-informatique et bio-statistique sur les données Omiques
• Évaluer les performances computationnelles des traitements et leur utilisation/implémentation notamment dans les pays du Sud.
• Assurer une veille technologique et bibliographique des différentes approches de quantification et d’analyse  

Votre future équipe

L’agent recruté intégrera un groupe transdisciplinaire au sein d’UMMISCO spécialisés en apprentissage automatique et analyse de données Omiques dans le contexte biomédical, composée d’ingénieurs, de chercheurs et de post-docs. Ce groupe collabore en étroit partenariat académique avec le laboratoire NutriOmique (Sorbonne Université/INSERM UMRS 1269), ainsi que le Centre d’Investigation Clinique (CIC) de la Pitié Salpêtrière.

Le profil que nous recherchons

Vous avez développé les compétences suivantes :

• De très bonnes connaissances des technologies de séquençage NGS (en particulier métagénomique) ainsi que des approches analytiques sous-jacentes.
• Une solide expérience dans les méthodes d'annotation fonctionnelles des données NGS, l'assemblage de-novo du génome, la quantification taxonomique et fonctionnelle, la reconstruction et l'analyse de différents types de réseaux biologiques.
• Une bonne connaissance de la biologie des systèmes, de la modélisation et de la simulation de systèmes biologiques.
• Des compétences en analyse statistique et des connaissances en intelligence artificielle.
• Une pratique courante : des langages R et Python, des suites logicielles bio-informatiques, des base de données biomédicales, des WorkFlow.
• Des compétences dans l’utilisation du calcul haute performance et le déploiement dans le cloud sont un plus.