Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

NGS RNA-seq single cell RNA-seq

Description

Contexte

L’Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC UMR CNRS-INSERM-Université de Strasbourg) est composé de 52 équipes de recherche explorant diverses thématiques de recherche fondamentale en biologie moléculaire et cellulaire et appliquée dans le domaine de la santé. Au sein de l’IGBMC, la plateforme GenomEast met à disposition ses ressources et son expertise tant aux équipes de l’institut qu’à la communauté académique nationale. Elle comprend actuellement 14 personnes (9 pour la partie expérimentale et 5 pour la partie analyse de données). Les projets traités portent sur des thématiques diverses (notamment génomique fonctionnelle, cancer, développement, cellules souches, génétique humaine), en utilisant principalement diverses applications de séquençage haut débit (RNA-seq, RNA-seq sur cellules uniques, ChIP-seq, ATAC-seq, MeDIP-seq, small RNA-seq, DNA-seq, …). Actuellement, la plateforme est notamment équipée d’un séquenceur Illumina Hiseq4000, d’un Chromium Controller (10X Genomics) et d’un serveur de stockage et de calcul. La personne recrutée rejoindra l’équipe en charge de l’analyse des données de séquençage haut débit générées par la plateforme.

Missions

En collaboration avec les équipes de recherche porteuses des projets et les bioinformaticiens de la plateforme, la personne recrutée sera en charge de l’analyse bioinformatique et statistique de données de RNA-seq et single-cell RNA-seq produites par la plateforme. En fonction des questions biologiques posées par les porteurs des projets, la personne recrutée définira les méthodes appropriées pour analyser les données, les utilisera ou les adaptera aux besoins du projet et documentera ces analyses. Tout au long des projets il/elle interagira avec les porteurs de projets, afin de répondre à leurs interrogations, de réaliser l’ensemble des analyses répondant à leurs demandes et de les former à l’interprétation et à l’analyse des résultats. Il/elle interagira également avec les biologistes de la plateforme, en charge de la partie expérimentale des projets.

Compétences requises

• Très bonnes connaissances en bioinformatique (expérience préalable dans le domaine de l’analyse de données de séquençage haut débit particulièrement appréciée)
• Maitrise de l’environnement unix et de la programmation shell
• Très bonnes connaissances et expérience en programmation et maitrise d’au moins un langage (Python de préférence)
• Très bon niveau en statistique et analyse de données, très bonnes connaissances et expérience en R (connaissance de Bioconductor appréciée)
• Connaissances théoriques en biologie moléculaire et génomique
• Bon niveau en anglais écrit et oral