Mots-Clés

génomique single-cell R analyse de données NGS

Description

Le Labex Who am I? constitue un réseau interdisciplinaire composé de 27 équipes de recherche réparties sur 9 unités explorant les déterminants de l’identité. Le projet WISCI (Who am I Single Cell Initiative) sélectionné dans le cadre de l’AAP Projet transverse 2020 propose la mise en place d’une plate-forme dédiée aux analyses de génomique single cell des équipes du Labex. Dans le cadre de ce projet, nous recrutons pour 36 mois un/e IE bio-informaticien/ne en charge du traitement des données de séquençage des projets single cell des équipes du Labex et du soutien de ces équipes dans leurs analyses. Le poste sera situé au sein de la plate-forme génomique de l’Institut Cochin, en interaction avec les bio-informaticiens des différents sites du Labex.

En collaboration avec les équipes de recherche porteuse des projets, le/la candidat/e sera chargée de l’analyse bio-informatique et biostatistique des données de séquençage des projets single-cell (sc) produits par la plate-forme. Il/Elle assistera les équipes dans l’analyse et l’interprétation des résultats, fournira un rapport destiné aux porteurs de projet. Il/Elle interagira avec les biologistes en charge de la partie expérimentale des projets et les bio-informaticiens des différents groupes impliqués dans ces projets single cell. Il/Elle assurera une veille technologique des méthodes et outils d’analyse des données single cell.

Le/la candidat/e doit avoir obtenu un Master 2 en bio-informatique, maitrisé R +/- Python et l’environnement Unix. Il/Elle doit posséder de solides connaissances en statistiques et analyse de données omiques, en biologie moléculaire et génomique et une bonne maitrise de l’anglais. Une expérience des approches single-cell (Seurat par exemple) et NGS sera un atout important.