Mots-Clés

Bioinformatique, Modélisation moléculaire, Analyse cristallographique, Canaux ioniques, Biophysique des protéines

Description

Description:
Poste à pourvoir au sein de l’Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) (https://www.ipmc.cnrs.fr/cgi-bin/site.cgi). Cette unité mixte de recherche sous la double tutelle du CNRS et d’Université Côte d’Azur se situe sur le campus universitaire de Sophia-Antipolis sur la commune de Valbonne. Dans le cadre d’un projet financé par l’ANR (CarDiag) et en collaboration avec l’Institut du Thorax à Nantes, la personne recrutée travaillera au sein de l’équipe « Physiologie et physiopathologie des canaux ioniques », dirigée par Florian Lesage, sous la responsabilité du Dr Franck Chatelain. Le projet concerne le développement d’une base de données pour le diagnostique/pronostique médical par la caractérisation multiplexée à haut débit des effets des variants du canal ionique ERG. Dans ce contexte, l’équipe de l’IPMC est en charge de l’évaluation de l’impact des mutations de ce canal potassique sur sa distribution cellulaire et sa structure 3D.

Descriptif du poste:

Le (la) candidat(e) sera en charge de la mise au point d’une approche bio-informatique pour l’analyse structurale du canal ERG, incluant un système de notation de l’impact de mutations génétiques de ce canal chez le patient. A partir des données de cristallisation et d’outils informatiques disponibles en libre accès, il devra élaborer une approche méthodologique permettant son utilisation par des non-initiés dans un contexte clinique.

Compétences requises:

1. Maîtrise des logiciels requis pour l’analyse structural (pyMOL, UCSF CHimera, GENO3D, Alphafold …).

2. Maîtrise de la programmation en R, PYTHON.

3. Maitrise des fondamentaux de la chimie et des biostatistiques.

4. Connaissance en biologie des protéines membranaires.

Profil recherché:

Profil recherché

1. Master ou ingénieur en bioinformatique

2. Expérience réussie en bioinformatique structurale, idéalement relative à la biophysique des protéines membranaires.

3. Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.

4. Bonne communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les questions biologiques.

5. Habitude du travail en équipe, capacités d'écoute et de proposition. Autonomie.

6. Intérêt pour les aspects méthodologiques de l'analyse de données.

7. Un intérêt pour les autres aspects de la bioinformatique (traitement de données de génomique) serait un plus