Mots-Clés

Bioinformatique assemblage génomes séquençage complet (WGS)

Description

Description:

L’igname asiatique est une espèce autopolypoïde. Or, des variétés portant des traits d’intérêt ont été récemment identifiées comme étant des allopolyploïdes, avec deux à trois génomes différents. Si l’un des génomes est connu, les deux autres restent à déterminer. Leur exploitation dans les programmes d’amélioration génétique permettrait d’accéder à une diversité plus large avec des gènes associés à des trais d’intérêt. Pour avancer dans l’identification de ces génomes ancestraux, dans notre équipe DEFI (Déterminisme, Expression et Fonctionnement des traits d’intérêt chez l’Igname) nous avons produit des données génomiques (short et long reads) sur plusieurs variétés auto et allopolyploïdes. Nous avons assemblé des spécimens de plusieurs espèces que nous avons également séquencés. Des analyses préliminaires ont été menées sur ces données génomiques. Ce poste aura donc pour mission de finaliser ces travaux et ce par l’assemblage des génomes récemment séquencés. Puis l’utilisation de toutes les données génomiques disponibles pour identifier ces génomes ancestraux avec des approches de génétique des populations et/ou de phylogénie.

Vous serez notamment chargé.e de :

- poursuivre les travaux sur l’assemblage des génomes allopolyploïdes récemment séquencés.

- Exploiter les données disponibles pour faire une analyse avec des approches de génétique des populations et si le temps le permet une analyse de phylogénie.

Profil souhaité:

• Diplôme d’ingénieur en bioinformatique

• Très bonne expérience d’analyse des données génomiques

• Expérience dans l’assemblage des génomes souhaitée

• Très bonne maitrise des outils bioinformatiques,

• Très bonne maitrise des langages de programmation (bash, Python, ..) ainsi que du travail sous Linux.

• Maitrise des outils de création de workflows souhaitée (Snakemake ou Nextflow ou équivalent)

• Capacité à travailler en équipe

• Maitrise de l’anglais souhaitée