Mots-Clés

#webdev #bioinformatics

Description

• Finaliser le développement du catalogue IFB des ressources bioinformatiques françaises (implémenté en Django)
• Développer des portails liés à différentes communautés thématiques de l'IFB (Covid-19, antibiorésistance, océanographie).
• Contribuer au développement des ressources ELIXIR co-portées par l'IFB, en particulier l'ontologie EDAM (edamontology.org), données BioSchemas (bioschemas.org, JSON-LD) et le catalogue bio.tools (https://bio.tools)
• Soutenir différents projets de développement de bases de données des plateformes IFB

Activités 

• Conception et développement de bases de données
• Conception et développement d'interfaces utilisateurs (GUI) et d'interfaces programmatiques (API)
• Conseil au développement de bases de données pour les ingénieurs des plateformes IFB
• Participation à des réunions avec les différentes plateformes de l'IFB concernant le développement de bases de données
• Participation aux réunions des projets ELIXIR liés au catalogue des ressources, en particulier bio.tools, EDAM et TeSS
  

Compétences 

Formation : Informaticien de niveau minimum Bac + 4 (Master, Master Pro, ingénieur, ...) ou expérience équivalente.
Une formation de bioinformaticien avec une forte composante en développement logiciel pourra également convenir.

Expérience:

• Une expérience de framework web est un pré-requis (Django est un plus)
• Une connaissance de Javascript sera considérée comme un avantage
• Une expérience UX design front office est un plus
• Une expérience dans le développement collaboratif (ex, GitHub) et de ressources ouvertes est un plus
  
  
  Connaissances: 
  
  
• Conception de modèles de base de données et d'architectures Modèle-Vue-Contrôleur
• Bonne connaissance du français
• Capacité à mener des discussions techniques en anglais
  
  Compétences opérationnelles
  > Compétences requises
• Frameworks Web
• Python 3
• Systèmes de contrôle de version: git
  
  > Compétences appréciées
• Django
• Javascript
• PHP
• Cycles de développement et de gestion logicielle
• Formats d'échange de données (e.g. JSON, XML, YAML)

> Compétences comportementales

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 36 plateformes régionales et équipes associées, ainsi qu'une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).
L'IFB a pour missions :

• de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …),
• de répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins ;
• d'anticiper les futurs développements du domaine ;
• d'assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ;
• de favoriser l'engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ;
• d'assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel ;
• d'assurer le lien entre les activités des bioinformaticiens Français et celles de l'infrastructure européenne ELIXIR
  
  
  Dans le cadre de ces missions, l'IFB (www.france-bioinformatique.fr) a entrepris de développer un catalogue des ressources bioinformatiques françaises, qui répertorie les outils logiciels, les bases de données, les ressources de calcul et stockage, les supports de formations, les expertises individuelles et d'équipes. Certaines de ces sections seront automatiquement synchronisées avec les catalogues correspondants développés par l'infrastructure européenne ELIXIR (elixir-europe.org), en particulier bio.tools (https://bio.tools) pour les outils logiciels et bases de données, TeSS (tess.elixir-europe.org) pour les supports de formation. Ces développements viseront à fournir un appui pour la promotion d' une science ouverte et reproductible. Le catalogue des ressources constituera également une source d'information pour générer une série des portails thématiques qui afficheront des informations d'intérêt pour des communautés particulières d'usagers (COVID-19, microbiologie, plantes, biologie marine).
  Dans ce but, l'IFB recrute un ingénieur d'étude afin de finaliser le développement du catalogue IFB, d'implémenter une interface conviviale, des outils de requête, de déployer des portails thématiques, et de venir en appui aux plateformes de l'IFB qui développent des bases de données.

► /! Conditions de travail /!
Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour des réunions de travail avec les plateformes IFB ou avec les projets internationaux dans lesquels l'IFB est engagé dans le cadre du réseau européen ELIXIR.
La personne recrutée sera accueillie à l'INSTITUT PASTEUR PARIS. Elle sera amenée à collaborer avec différentes plateformes de l'IFB. Elle collaborera étroitement avec le Webmaster de l'IFB et avec les personnes impliquées dans les autres actions liées au catalogue des ressources bioinformatiques (interopérabilité, engagement des communautés, outreach officer, …).
Attention, l'adresse d'implantation de l'unité n'est pas l'adresse de travail